1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ggactctgcataggcgtttggcattcttagatgccggtgctattgttgatggatagtgtcagctgagattctgtaaatcgccatggttgttttgtattagGTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCACCTCTCTATCGAACGTTGTGGGGTGCCGAGCGGTTATGTCAGCTGAGAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S11_305V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAG GTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCAEST: gi|18345221|gb|BJ177262.1|BJ177262
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EST: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAG GTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCAEST: gi|162226063|gb|FC401029.1|FC401029
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EST: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAG GTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCAEST: gi|100403883|gb|BY955149.1|BY955149
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EST: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAG GTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCAEST: gi|100393437|gb|BY953399.1|BY953399
genomic: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAGgtagggtgtg ... tttgtattagGTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCA
EST: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAG GTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCA
genomic: TCTGCACTCCTCAGCGTCGTGGACTGCATCGACCGTGCCGTCTTTGCGAGgtagggtgtg ... tttgtattagGTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCA
ttgatggatagtgtcagctgagattctgtaaatcgccatggttgttttgtattagGTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCACCTCTCTATCGAACGTTGTGGGGTGCCGAGCGGTTATGTCAGCTGAGAA
tgttgat putative branch site (score: 4)
ttgtttt putative PPT
ttttgtatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggactctgcataggcgtttggcattcttagatgccggtgctattgttgatggatagtgtcagctgagattctgtaaatcgccatggttgttttgtattagGTGGTGTAAGTGCTCATGAGAGGGTATCCTTAAGGTACACGCAATGGCGCACCTCTCTATCGAACGTTGTGGGGTGCCGAGCGGTTATGTCAGCTGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
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- - -ctgcata