1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...cgtgttttctttgcaatctggtgcatgttgttgagattgtcacattatcatgtggtgaccgactgtgtgcccagtgctgatgactgcaatggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATATTCCGGACGCTGAAGAGGTTGAAGAAACTGGAGAGGAAGTAGATTATGA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S109_70V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|100365372|gb|BY966565.1|BY966565
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|100447939|gb|CJ972238.1|CJ972238
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|67570816|gb|BJ943640.1|BJ943640
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|67573557|gb|BJ946381.1|BJ946381
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|18360372|gb|BJ192434.1|BJ192434
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|67716695|gb|BJ966955.1|BJ966955
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATAEST: gi|100362283|gb|BY947282.1|BY947282
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
EST: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTG GTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
genomic: CGCCAGCGATCCACCCCTCGGACTTGCACCGGACGCTTTAATCTCCACTGgttcgtacgt ... ggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATA
tatcatgtggtgaccgactgtgtgcccagtgctgatgactgcaatggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATATTCCGGACGCTGAAGAGGTTGAAGAAACTGGAGAGGAAGTAGATTATGA
tgctgat putative branch site (score: 25)
tttttc putative PPT
tttttca TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgtgttttctttgcaatctggtgcatgttgttgagattgtcacattatcatgtggtgaccgactgtgtgcccagtgctgatgactgcaatggtttttcagGTCGAATCTTATCTCAATCAGCTTCAGGAATGGCGGATGGTGATTTTGATATTCCGGACGCTGAAGAGGTTGAAGAAACTGGAGAGGAAGTAGATTATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - tggtgca