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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catgcagttgaggatgaattttacggagatctcgtttggccttattttgatgagtcatcgaagacctatgctgaggttttatttacacgtaaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S101_67V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100354239|gb|BY945777.1|BY945777
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100371965|gb|BY967639.1|BY967639
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208350330|gb|DC906032.1|DC906032
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208377704|gb|DC932240.1|DC932240
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCATAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100449045|gb|CJ973344.1|CJ973344
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|18358112|gb|BJ190171.1|BJ190171
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208375758|gb|DC936698.1|DC936698
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100443377|gb|BY963673.1|BY963673
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|18342803|gb|BJ174839.1|BJ174839
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTACG                         GGGGATCTTTGNAAGGTGGAAGACGTACTTAA
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAA
EST: gi|100412936|gb|BY992508.1|BY992508
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100385898|gb|BY951092.1|BY951092
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100412296|gb|BY956511.1|BY956511
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208387323|gb|DC933074.1|DC933074
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|162192491|gb|FC369121.1|FC369121
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|18342774|gb|BJ174810.1|BJ174810
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100379480|gb|BY986659.1|BY986659
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|162192001|gb|FC367214.1|FC367214
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208361787|gb|DC935027.1|DC935027
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100412866|gb|BY992475.1|BY992475
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100351733|gb|BY964522.1|BY964522
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100435311|gb|BY979179.1|BY979179
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAGGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|162231058|gb|FC406169.1|FC406169
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100423654|gb|BY976496.1|BY976496
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATCTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100369386|gb|BY948074.1|BY948074
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100436738|gb|BY979501.1|BY979501
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|208397832|gb|DC912027.1|DC912027
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|18351199|gb|BJ183250.1|BJ183250
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100437309|gb|BY961456.1|BY961456
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
EST: gi|100365706|gb|BY948371.1|BY948371
EST:     GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAG                         GGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
genomic: GCGTGCGCAAGTTAGCGGGCGAATTTGGAGAGAATTTGAAGTTTGTTAAGgtttattcat ... aaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgatgagtcatcgaagacctatgctgaggttttatttacacgtaaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG
 ttttgat  putative branch site (score: 4)
                               ttttatttaca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
catgcagttgaggatgaattttacggagatctcgtttggccttattttgatgagtcatcgaagacctatgctgaggttttatttacacgtaaatatgcagGGGGATCTTTGTAAGGTGGAAGACGTACTTAAGGTGTTCAAGCTTCACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT