1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gttcacatctcctgctgttgcgtttcatagatgtcggttttcattgacagctaaatcgtcgtttgtgctctctaattcggtaatgtctgctagacgcctaccttgtttgatttcgcaacatccataaactgtgttagACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGATGCTGTGAGGGAGCTGATTGCGAGGTGGGAAGATGAATCAACGGGTTAT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S100_75V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCTGCATTATTACAAGCTGCTCACCTGGCATTGCTCTTGAAACTGCAAG ACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGAEST: gi|162232785|gb|FC408192.1|FC408192
genomic: ACCTGCATTATTACAAGCTGCTCACCTGGCATTGCTCTTGAAACTGCAAGgttcacatct ... actgtgttagACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGA
EST: ACCTGCATTATTACAAGCTGCTCACCTGGCATTGCTCTTGAAACTGCAAG ACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGA
genomic: ACCTGCATTATTACAAGCTGCTCACCTGGCATTGCTCTTGAAACTGCAAGgttcacatct ... actgtgttagACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGA
atgtctgctagacgcctaccttgtttgatttcgcaacatccataaactgtgttagACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGATGCTGTGAGGGAGCTGATTGCGAGGTGGGAAGATGAATCAACGGGTTAT
gtttgat putative branch site (score: 5)
tttgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcacatctcctgctgttgcgtttcatagatgtcggttttcattgacagctaaatcgtcgtttgtgctctctaattcggtaatgtctgctagacgcctaccttgtttgatttcgcaacatccataaactgtgttagACATTTGGCGAAGTCAGGAGCGCACGTTGTGTTTGCTGTGGCCGATGTGGATGCTGTGAGGGAGCTGATTGCGAGGTGGGAAGATGAATCAACGGGTTAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG