1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gagagtattttttttcattaattactgatgttgtcacgcactggggatattgcttgctgtttactctgctgaacttcttgtggccatatgttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTGGTGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGCAGAAGCCCGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g13570.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTCGTAGATATGCAATTTCAG GGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTGEST: gi|27546629|gb|CA764708.2|CA764708
genomic: CTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTTGTAGATATGCAATTTCAGgtacatttag ... ttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTG
EST: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTTGTAGATATGCAATTTCAG GGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGACTGEST: gi|25804428|gb|CA760389.1|CA760389
genomic: AATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTTGTAGATATGCAATTTCAGgtacatttag ... ttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTG
EST: ATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTTGTAGATATGCAA-TTCAGG GGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATT
genomic: ATCTCCTTCAGCATGGAAGTCCCCTTGGTTTGTAGATATGCAATTTCA-Ggtacatttag ... ttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATT
gatattgcttgctgtttactctgctgaacttcttgtggccatatgttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTGGTGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGCAGAAGCCCGTG
tgttcctccc CT-rich tract
atatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gagagtattttttttcattaattactgatgttgtcacgcactggggatattgcttgctgtttactctgctgaacttcttgtggccatatgttcctcccagGGTTCATACTTCGTCAGCCCAGCTAATGGAAGTTACGATGCGCTAGGATTGGTGAAGCAGATAAATGTGCAGACTGCTGCTGCTTTGGCAGAAGCCCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - tttcatt
- - - - - - - - - - - - ctgatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - cacgcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccatatg