1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...ttatggaagttgagcaatggttctaaatagactatgtggtaatagtagtgttatgcataacactgtgtaaattgtgacatgtttccaactatgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGGAGTCACGATTGGCTGATTATCCAACAACTTTGGATGAGGATGATGCTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g13460.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGEST: gi|218503364|gb|FG964057.1|FG964057
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGEST: gi|58585967|gb|CF984275.1|CF984275
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGEST: gi|428273|gb|D24421.1|D24421
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGEST: gi|428650|gb|D24802.1|D24802
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGEST: gi|29657715|gb|CB653990.1|CB653990
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
EST: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCA GTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
genomic: ATCCAGATGAAATGCAATCCATACTTTCTTCAGAAGGTGATACATGTCCAgtaagtctac ... atgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTG
tagtgttatgcataacactgtgtaaattgtgacatgtttccaactatgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGGAGTCACGATTGGCTGATTATCCAACAACTTTGGATGAGGATGATGCTA
gcataac putative branch site (score: 31)
tatgattata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatggaagttgagcaatggttctaaatagactatgtggtaatagtagtgttatgcataacactgtgtaaattgtgacatgtttccaactatgattatagGTCAGTCCATGCACAGAGCGAGCAGTACTTGACCAACTTGTTGGATACTTGGAGTCACGATTGGCTGATTATCCAACAACTTTGGATGAGGATGATGCTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - -tggttct
- - - - - - - - - - - - - - - -ctatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttatgca