Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgaatatacatgccttttgtcctggcccacttgttttggtttaagtcaatacatgattgtaatatgtaatgtaacaatcaactgagcaagagctctgttaaatggctagaaagtactgaactgtaaagtattccatgttcttttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGTACACGACTGTTTATGTTGGCAATCTTCCTCATGAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g40510.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os11g40510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G835213_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtgaatatacatgccttttgtcctggcccacttgttttggtttaagtcaatacatgattgtaatatgtaatgtaacaatcaactgagcaagagctctgttaaatggctagaaagtactgaactgtaaagtattccatgttcttttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGTACACGACTGTTTATGTTGGCAATCTTCCTCATGAT
                                        |  ||| |   |  || | | |       |||| ||| | |     ||  ||      || |   ||     || |    ||  |  | | ||  ||  | || |    ||||||  |||||| || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||| || 
----------------------------------------tagaagccggaatttggtagaagccgtacatgtcacagttat---ggcttgaa----attgaccagcattgcagca--acaccttttaatcttttataatgttct----gcagAATCTGGAAAAGAGAATCCAAATGAAGATGGTCCTGAAAATAACCCTCAGTTTACTACTGTTTATGTTGGCAATCTTCCTCACGAG

upper sequence: LOC_Os11g40510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv09s0002g00880.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
gtgaatatacatgccttttgtcctggcccacttgttttggtttaagtcaatacatgattgtaatatgtaatgtaacaatcaactgagcaagagctctgttaaatggctagaaagtactgaactgtaaagtattccatgttcttttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGTACACGACTGTTTATGTTGGCAATCTTCCTCATGAT
                                                  |  | |||  |  | |   |  | |   ||  ||  | |  |  | || || |      || |||  | |         | ||   ||   ||  || |||||||| ||| || || |  |||| | | || | |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||| |||  || 
--------------------------------------------------tcaaggatgcttttgtactaaatcattgtctcctttggatta--tatgctagagattatgatagtgataagaaaccttatgtttgttgca-ttccttgtgcagAAGATGGTAAAGAGACAGCAACTAATGAGGCTCCTGACAACAACCCTCAGTATACAACTGTTTATGTGGGCAATCTTGCTCCAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|218488516|gb|FG953157.1|FG953157
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58688359|gb|CK077046.1|CK077046
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58687280|gb|CK075967.1|CK075967
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|29640531|gb|CB645540.1|CB645540
EST:     TGATAGAG-TGGCAAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCC-GAAAACAACCCACAGT
genomic: TGATAGAGTTGAC-AAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58602505|gb|CK013033.1|CK013033
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|33680119|gb|CF308358.1|CF308358
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AGGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|88572117|gb|CI663688.1|CI663688
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58678674|gb|CK067361.1|CK067361
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58690866|gb|CK079553.1|CK079553
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAAGCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|218482201|gb|FG960522.1|FG960522
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|218500911|gb|FG960833.1|FG960833
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58597389|gb|CK007917.1|CK007917
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|325494350|gb|JG458874.1|JG458874
EST:     CCAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTCGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAG
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAG
EST: gi|58606512|gb|CK034545.1|CK034545
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCTG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|58601763|gb|CK012291.1|CK012291
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATCATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|86596642|gb|CI286555.1|CI286555
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
EST: gi|87004665|gb|CI300987.1|CI300987
EST:     ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAG                         AAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT
genomic: ACAAAATACAGACTCCAAGGGTATGATAGAGTTGACAAATGGTTCATCAGgtgaatatac ... ttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaatggctagaaagtactgaactgtaaagtattccatgttcttttttatgcagAAGGTGGAAAGGATAATGCAAATGAAGATGGTCCTGAAAACAACCCACAGTACACGACTGTTTATGTTGGCAATCTTCCTCATGAT
                                 ttccatgttctttttt  CT-rich tract
                                     atgttcttttttat  TA-rich tract