1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ctgttttctttttggatcaattgttctagattctaaaagaatgtctcatgattagatgtgtttccataaatccattcgactaaactatattcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATCTCTCTTCCGAGATCTTGTCAAGGAGTACTGGTCATACGCATCGAATGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g05700.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGTACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATEST: gi|29613679|gb|CB618692.1|CB618692
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGTACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATEST: gi|29687974|gb|CB684249.1|CB684249
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATEST: gi|86496773|gb|CI139406.1|CI139406
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATEST: gi|27577866|gb|CB000561.1|CB000561
genomic: CCGTATACCAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
EST: CAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATG GGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
genomic: CAACAGTTATGGACTGCACTATGGTCCTTGCAATGAGCGATGgtacgttttt ... tcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGAT
tcatgattagatgtgtttccataaatccattcgactaaactatattcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATCTCTCTTCCGAGATCTTGTCAAGGAGTACTGGTCATACGCATCGAATGG
gactaaa putative branch site (score: 19)
ttcacttcc putative PPT
taaactatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctgttttctttttggatcaattgttctagattctaaaagaatgtctcatgattagatgtgtttccataaatccattcgactaaactatattcacttccagGGAAAATGGTGGAGTATGACAAACCTATGAAGCTCATGGAAACTGAAGGATCTCTCTTCCGAGATCTTGTCAAGGAGTACTGGTCATACGCATCGAATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - ttgttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaaagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tccattc