1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgctcaatcctcttataatctggcgtgcattctgcatatatggaacagctacatatatgtccattctacatataagggactacatgtcactcttgagtcttgaccatgctatcagttgtttgcacactgacatagatagcaatttgatgttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAATCATTGCTTGGTGGAAAGATTTGTATATGCAATACGTGCGTGCATGTCT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g41110.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88546497|gb|CI476140.1|CI476140
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAANTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88264321|gb|CI368095.1|CI368095
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88505021|gb|CI432527.1|CI432527
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|29684595|gb|CB680870.1|CB680870
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88515138|gb|CI442792.1|CI442792
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88504655|gb|CI432161.1|CI432161
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAAEST: gi|88559637|gb|CI490233.1|CI490233
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGTACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgctcaa ... gttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAA
ccatgctatcagttgtttgcacactgacatagatagcaatttgatgttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAATCATTGCTTGGTGGAAAGATTTGTATATGCAATACGTGCGTGCATGTCT
aatttgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgctcaatcctcttataatctggcgtgcattctgcatatatggaacagctacatatatgtccattctacatataagggactacatgtcactcttgagtcttgaccatgctatcagttgtttgcacactgacatagatagcaatttgatgttgcgacagGAAAGTGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCTAATCATTGCTTGGTGGAAAGATTTGTATATGCAATACGTGCGTGCATGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA