Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCAGGGATAAACAGGAGCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g35960.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g35960.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G085747_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCAGGGATAAACAGGAGCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC
|||| |||||||||||| ||  ||| |   ||   | ||  || || |||     | ||  ||||||||| | || ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||                                                                     
gtatctgatatgtttgacatttttgtaaaatttccttagCCTACTTTATATGGAATGTTCATTGTCAAAAATGTGGTTCGTACATTCTAATTCCTCTTTAGAATCCAGTGCTGGGATAGGTGTGCTTAGCATGGCTAAA---------------------------------------------------------------------

upper sequence: LOC_Os10g35960.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G085747_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCAGGGATAAACAGGAGCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC
|||| |||||||||||| ||  ||| |   ||   | ||  || || |||     | ||  ||||||||| | || ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
gtatctgatatgtttgacatttttgtaaaatttccttagcctactttatatggaatgttcattgtcaaaaatgtggttcgtacattctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAGCATGGCTAAACAGGCAATGTTAAGGATGCCTGGGATCCACAGAACCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC

upper sequence: LOC_Os10g35960.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G085747_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtatatgatatgtttgatatgcttgcatttttctatcagtttatttcatacaaggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCAGGGATAAACAGGAGCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC
|||| |||||||||||| ||  ||| |   ||   | ||  || || |||     | ||  ||||||||| | || ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||       
gtatctgatatgtttgacatttttgtaaaatttccttagcctactttatatggaatgttcattgtcaaaaatgtggttcgtacattctaattcctctttagAATCCAGTGCTGGGATAGGTGTGCTTAGCATGGCTAAACAGGCAATGTTAAGGATGCCTGGGATCCACAGAACCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGT-------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58596497|gb|CK007025.1|CK007025
EST:     GGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: GGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|58673493|gb|CK062179.1|CK062179
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|58665242|gb|CK053928.1|CK053928
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|58601869|gb|CK012397.1|CK012397
EST:     GCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|58659006|gb|CK047686.1|CK047686
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|29624067|gb|CB629078.1|CB629078
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGC
EST: gi|29662805|gb|CB659080.1|CB659080
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
EST: gi|29687359|gb|CB683634.1|CB683634
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCT
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCT
EST: gi|29624065|gb|CB629076.1|CB629076
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAA
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAA
EST: gi|29678813|gb|CB675088.1|CB675088
EST:     CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAG                         TGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC
genomic: CCCCTCTCTGATTTTACTAAGCAGAAGATAGTTGTGGTGGGAGCTGGAAGgtatatgata ... tagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtatttcttgtcaaaagtctgtttcctccgttctaattcctctttagaatccagTGCTGGGATAGGTGTGCTTAATATGGCTAAACAGGCGATGCTAAGGATGCCAGGGATAAACAGGAGCGGGGAAGGGCATAATCAATTCTGGGTTCTGGAC
                               ttctaat  putative branch site (score: 2)
                  tctgtttcctccgttc  CT-rich tract
                               ttctaatt  TA-rich tract