Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcattttctatatatatgttcatagctgttccctatcattttctttaaaaactcttgcttctttggacatggaaataatgacagtttctcgatgatgcagGTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGAGATTAGGAGTCTGTCCAAATATGATAACCTATTCGGTGTTATTTGTGGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g10170.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58691402|gb|CK080089.1|CK080089
EST:     CAAATTAATGCCAACCGTTTCAATGATGAATGCTCTGATCACCGCATTGT                         GTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGA
genomic: CAAATTAATGCCAACCGTTTCAATGATGAATGCTCTGATCACCGCATTGTgtatgtccaa ... gatgatgcagGTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGA
EST: gi|58695106|gb|CK083793.1|CK083793
EST:     CAAATTAATGCCAACCGTTTCAATGATGAATGCTCTGATCACCGCATTGT                         GTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGA
genomic: CAAATTAATGCCAACCGTTTCAATGATGAATGCTCTGATCACCGCATTGTgtatgtccaa ... gatgatgcagGTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaaaactcttgcttctttggacatggaaataatgacagtttctcgatgatgcagGTGATGGTGATCAAGTTTTGAAGTCTTTTGAGGTCCTTAGTGAGATGAAGAGATTAGGAGTCTGTCCAAATATGATAACCTATTCGGTGTTATTTGTGGC
                                       tttctcg  CT-rich tract
                           aaataatga  TA-rich tract