Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataacttctgttttgatgtatgaagctaatccgtaattagaaatctaaatgaatatacttagcatgtggtttgaatcgtttgtgttgtgtgatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os10g08550.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G048371_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
-----------------------------------ataacttctgttttgatgta-tgaagc--taatccgtaattag---aaatctaaatgaatatacttagcatgtggtttgaatcgtttgtgttgtgtgatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG
                                    |    | |||||   | || || | |  |  ||  ||  |||   |||   |||   || |  ||   ||| |  || |   ||||   ||   ||||| |  |||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||
gttagtttctgatttcacagttggggacatctgtttttttatttgtttcactttactggaacattggtctttatgtaggtaaaactgaaaacgatgt-tttgttatgagagttaatctgtttcaatttcctgatact--agGAGAACAAGGAAGGACTTGAGCTCTTGAAAACTGCAATTGAGAAGGCTGGATACACTGGCAAG

upper sequence: LOC_Os10g08550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: EFJ32861 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 7
ataacttctgttttgatgtatgaagctaatccgtaattagaaatctaaatgaa-tatacttagcatgtggtttgaatcgtttgtgttgtgt----gatat---tgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG
                                                 | || | |  ||  |  || |||| ||   ||| |||||||     ||| |   | |||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| || |||
------------------------------------------------gtaaactgttgttttctcgtcgttttaaatttttatgttgtgccttcgatttgcttacagGAAAATAAGGAAGGTCTGGAACTGTTGAAGACTGCTATTGAGAAGGCTGGCTACACCGGAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58597616|gb|CK008144.1|CK008144
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58689303|gb|CK077990.1|CK077990
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58675782|gb|CK064469.1|CK064469
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|117224917|gb|CT845976.1|CT845976
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29688336|gb|CB684611.1|CB684611
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|319908690|gb|HS977818.1|HS977818
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGNTAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGN
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAG-GAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGG
EST: gi|33676058|gb|CF304297.1|CF304297
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33687081|gb|CF315320.1|CF315320
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29678862|gb|CB675137.1|CB675137
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|319908492|gb|HS977620.1|HS977620
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33674962|gb|CF303201.1|CF303201
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|427989|gb|D24135.1|D24135
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCT
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCT
EST: gi|29644081|gb|CB649088.1|CB649088
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAAGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACCAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAAGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29665470|gb|CB661745.1|CB661745
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29679887|gb|CB676162.1|CB676162
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|396941266|gb|HO188475.1|HO188475
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|428358|gb|D24506.1|D24506
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGN
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|23513780|gb|BU673306.1|BU673306
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29619828|gb|CB624840.1|CB624840
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGNCA-TTGAAAAGGCTGG
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTG-CAATTGAAAAGGCTGG
EST: gi|29657924|gb|CB654199.1|CB654199
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58588647|gb|CF986955.1|CF986955
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGA
EST: gi|58606067|gb|CK034100.1|CK034100
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGACAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33676198|gb|CF304437.1|CF304437
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|30228895|gb|CB966786.1|CB966786
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29668592|gb|CB664867.1|CB664867
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAA                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29626887|gb|CB631898.1|CB631898
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29681677|gb|CB677952.1|CB677952
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGATTTGCTCCTAACATTCAC                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAGAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|319908681|gb|HS977809.1|HS977809
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGTTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|30229421|gb|CB967312.1|CB967312
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|2312016|gb|C28171.1|C28171
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58673278|gb|CK061964.1|CK061964
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58683046|gb|CK071733.1|CK071733
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33676308|gb|CF304547.1|CF304547
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33685910|gb|CF314149.1|CF314149
EST:     TTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: TTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29659230|gb|CB655505.1|CB655505
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|14192326|gb|AU184537.1|AU184537
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29682743|gb|CB679018.1|CB679018
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29679137|gb|CB675412.1|CB675412
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GCAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|27554031|gb|CA997931.1|CA997931
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAT                         GAAA-CAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCACTTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29678678|gb|CB674953.1|CB674953
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29623734|gb|CB628745.1|CB628745
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|218504551|gb|FG952364.1|FG952364
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTAGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|33676730|gb|CF304969.1|CF304969
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAA-CAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29639493|gb|CB644502.1|CB644502
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAAT
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAAT
EST: gi|88401721|gb|CI591048.1|CI591048
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|218483031|gb|FG953128.1|FG953128
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29629934|gb|CB634943.1|CB634943
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29667979|gb|CB664254.1|CB664254
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAN                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58666297|gb|CK054983.1|CK054983
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29656696|gb|CB652971.1|CB652971
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTG
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTG
EST: gi|58662604|gb|CK051290.1|CK051290
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29664966|gb|CB661241.1|CB661241
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|29659075|gb|CB655350.1|CB655350
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|58663601|gb|CK052287.1|CK052287
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACT
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACT
EST: gi|29684326|gb|CB680601.1|CB680601
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGNCA-TTGAAAAGGCTGG
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTG-CAATTGAAAAGGCTGG
EST: gi|58592547|gb|CF990855.1|CF990855
EST:     GGTGG-TTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: GGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
EST: gi|319908667|gb|HS977795.1|HS977795
EST:     AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAG                         GAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA
genomic: AGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 412

TCTGTTATCAAGAAGAAGTATGGTCAGGATGCCACCAATGTTGGTGATGAAGGTGGTTTTGCTCCTAACATTCAGgtacttatgc ... gatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taaatgaatatacttagcatgtggtttgaatcgtttgtgttgtgtgatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG
 atctaaa  putative branch site (score: 412)
      aatatactta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ataacttctgttttgatgtatgaagctaatccgtaattagaaatctaaatgaatatacttagcatgtggtttgaatcgtttgtgttgtgtgatattgcagGAAAACAAGGAGGGTCTTGAGCTCTTGAAGACTGCAATTGAAAAGGCTGGATACACTGGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA