1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tcatctttgtgatcgatacatctctttatgcaacttttgttctcattaaactgtcacctcaaaaatttatgaatgaatatgtaaatcaaacaccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGTCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTGAGAACTTTCCGCCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g45350.3 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCGTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|25797586|gb|CA753547.1|CA753547
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|29684519|gb|CB680794.1|CB680794
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|88839227|gb|CI000699.1|CI000699
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: TATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|88270100|gb|CI381398.1|CI381398
genomic: TATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: ACAGGAATATAATCCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|38472971|gb|CF957103.1|CF957103
genomic: ACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|29637828|gb|CB642837.1|CB642837
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGEST: gi|29680616|gb|CB676891.1|CB676891
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
EST: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCC GTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
genomic: GACATATGTGTCATATGCCTTGAACAGGAATATAATGCTGTTTTTGTGCCgtaagtatct ... caccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTG
ttaaactgtcacctcaaaaatttatgaatgaatatgtaaatcaaacaccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGTCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTGAGAACTTTCCGCCAT
aaaaatttatgaatga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatctttgtgatcgatacatctctttatgcaacttttgttctcattaaactgtcacctcaaaaatttatgaatgaatatgtaaatcaaacaccgtgcagGTGTGGCCACATGTGCTGCTGTATGAACTGCTCTTCTCATTTGACGAATTGTCCACTTTGCCGGAGAAGAATTGACCAAGCTGTGAGAACTTTCCGCCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG