Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacagaagcacaactatggggatattttctcttgcaccgttcaatcagtaaaaatccattttgtttgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATCTGAACTCCAAGGATACTCAGTGAGATCATTATACAAGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g07090.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g07090.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G030144_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 9
------------------------------------------------gtatgtacagaagcacaactatggggatattt-------tctcttgcaccgttc--aatcagtaa-aaatccattttgtt-tgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTAT---GGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATC--TGAACTCCAAGGA----TACTCAGTGAGATCATTATACAAGG-------------------
                                                | || | |||       | |||    |   ||       |||  || || | |    |  | ||| ||||    |||||  || ||  | ||   || |  |||    |     | ||    |  | |  ||| |||   || | | |    |||  |   |      ||||||  ||||     || |    |  |||   |  | | |||    |                    
gtatggcatgctcttatagttctagtgagtaatgcatctgaacttcaaggatattcagtcaggtcattatataaagcattgcaagcatctagtgaacaggtgtggagaaataataaatgttctttgtcatgtatactcttggattatgtatctaatgtgcatagatctcttctatgttgatatatttagGAAAGTTTAGTTAGGGTGGCTGTTTGGTGCATCGGTGAATATGGAGAAATGCTGGTCAACAATCTTAGTATGTTGGACATGGAGGAACCAATTACG

upper sequence: LOC_Os06g07090.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G030144_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
------gtatgtacagaagc-acaactatggggatat---tttctcttgcaccgttcaatcagtaaaaatccattttgtttgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATCTGAACTCCAAGGATACTCAGTGAGATCATTATACAAGG
      |||  ||    |||   || | |  |   ||   ||||| |||||    | ||| |  || | |||| ||      |||  |||  | || ||  ||| |||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||  || | || |||||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| || |
cgctaagtaaataattgagctgtaaatgtatgagcatgaatttctgttgcagatgtaaatta--aagattccaatt------aatactgtacctttttatgtccacagGCTGGTAATCATGTGAAGGATGATGTATGGCATGCTCTTATAGTTCTAGTGAGTAATGCATCTGAACTTCAAGGATATTCAGTCAGGTCATTATATAAAG

upper sequence: LOC_Os06g07090.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G017421_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
----------gtatgtacagaagcacaactatggggat-attttctcttgcaccgttcaatcagtaaaaatccattttgtttgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATCTGAACTCCAAGGATACTCAGTGAGATCATTATACAAGG
            || |  ||  | | |  |||| | || | ||||| ||||||   | |||   | ||||||||  ||     |||  |||   |||  |  ||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||  |||| || |||||||||||||| |||||||| ||| | || |||||||| ||||
ccaccacgtaaaatatg-agttgtaaatgtatgagcatgaatttctgttgcacttgtaaat---tgaaaatccaaatt-----aatattgtactctttcatgtccacagGCTGGTAATTATGTAAAGGATGATGTATGGCATGCTCTTATAGTTCTAATGAGTAATGCATCTGAACTTCAAGGATATTCAATCAGGTCATTATATAAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29624901|gb|CB629912.1|CB629912
EST:     CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTG                         GCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
genomic: CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTGgtatgtacag ... acatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
EST: gi|58654587|gb|CK043267.1|CK043267
EST:     CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTG                         GCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
genomic: CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTGgtatgtacag ... acatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
EST: gi|29672354|gb|CB668629.1|CB668629
EST:     CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTG                         GCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
genomic: CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTGgtatgtacag ... acatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
EST: gi|58673720|gb|CK062406.1|CK062406
EST:     CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTG                         GCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA
genomic: CCCAAGATAAACTTTGGTACTTAGACCAGATGTTCAAGGTTTTATCTCTGgtatgtacag ... acatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttcaatcagtaaaaatccattttgtttgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATCTGAACTCCAAGGATACTCAGTGAGATCATTATACAAGG
                                              catcctc  CT-rich tract
                   attttgtttgaattat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtacagaagcacaactatggggatattttctcttgcaccgttcaatcagtaaaaatccattttgtttgaattatgttaccttgtacatcctcagGCTGGAAATTATGTGAAGGACGATGTATGGCATGCTCTAATAGTCTTAATAAGCAATGCATCTGAACTCCAAGGATACTCAGTGAGATCATTATACAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA