Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtgctgaaggata--------acttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
||||| ||| |||         || |   || || || ||||     || || || |   ||||| |||| | | ||   ||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaa-tacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttc-atatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
               || | |   |||  ||  ||| | ||  | | | |        ||   || || ||   ||  | |  |   | |        |  || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |    ||||||||  | ||||| ||  |||||
--------------gttgt-taaaaatgtctcttcactatatgaatgtctcc------ttttatagctctcac-cttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
           | |   |||| ||   |   | | | | |  | || |  |     |  ||   || ||    ||||  |  ||     || | |      || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||||||  | ||||| ||  |||||
----------gttaaaaatgtctcttca--ctatgaatatgaatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaa-----tctgcac-----cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattca-gtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
                   |||| ||   ||  ||       |  | || |    || | ||  |   |    || | ||   ||  |||   || |  ||| |  ||| || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| |  |   ||||
-------------------gttttaa-ggctcatctac---tacatttactcctcaagtccatattgatagtttatttctctaaacgattgaggtgtaactgta--gATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
         | ||   | | |||   |   |||| | | ||     |||||       |||    |      || ||  ||  || ||||  | |||| |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||
---------gttattatctattttcctg--ttgtgaatttattgccatatt-------ttctcagttagatttattgaatatgatgatttt-gcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
         | ||   | | |||   |   |||| | | ||     |||||       |||    |      || ||  ||  || ||||  | |||| |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||
---------gttattatctattttcctg--ttgtgaatttattgccatatt-------ttctcagttagatttattgaatatgatgatttt-gcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccg-tatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
   | | ||   ||   |   ||    ||| |    |||  | |   |||  || | ||     |  |||   | ||   | | |    |||  |   |      || |  | || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  | || ||| | || ||    || |||
tcacagcagatcaatgcacacttgctcaacat---tgtgctgcatgttatcaaaaagatc----acttttgacaatgtgaagatttccatccaatgaattattgcagGTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 11

TGCTGTTTGGGATATTGTGTCAAAATATAAATCAACAATACCTGAATTTCCCCAGAAGGAGACATGTGAACTGCTCATTGTCGACAGGCCTATAGATCAGgtgctgaagg ... gtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
                        tgcttac  putative branch site (score: 11)
                           ttacaataattt  TA-rich tract