Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g04450.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G830776_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtgctgaaggata--------acttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
||||| ||| |||         || |   || || || ||||     || || || |   ||||| |||| | | ||   ||| |||||||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||
gtgctaaagcatacactggatgctaaaactttaagaatttgttcacttaaaa-tacagcaaagaacttcaatttattcattacagcttacaacaatttc-atatgactgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTCGAAATGGATGGCAACAAATACATTTATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA03G02740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
               || | |   |||  ||  ||| | ||  | | | |        ||   || || ||   ||  | |  |   | |        |  || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |    ||||||||  | ||||| ||  |||||
--------------gttgt-taaaaatgtctcttcactatatgaatgtctcc------ttttatagctctcac-cttttgatgactgtgttgaatctgcaccacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGACTATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA01G34340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
           | |   |||| ||   |   | | | | |  | || |  |     |  ||   || ||    ||||  |  ||     || | |      || |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |  | ||||||||  | ||||| ||  |||||
----------gttaaaaatgtctcttca--ctatgaatatgaatgtctccttttatagctctcaattttgatgactgtattgaa-----tctgcac-----cacagATTGCACCTGTCATTCATGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGTTGAATATGGATGGAGATAAATATATGCATGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G02010.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattca-gtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
                   |||| ||   ||  ||       |  | || |    || | ||  |   |    || | ||   ||  |||   || |  ||| |  ||| || ||| | || || ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| ||  | ||| |  |   ||||
-------------------gttttaa-ggctcatctac---tacatttactcctcaagtccatattgatagtttatttctctaaacgattgaggtgtaactgta--gATCGCTCCTATCATACACGAATGGACCTATGATGCTATGTGCCATGATTTGCTTGACATGGAGGGGAATAAACATGTCATTGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0048g00970.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
         | ||   | | |||   |   |||| | | ||     |||||       |||    |      || ||  ||  || ||||  | |||| |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||
---------gttattatctattttcctg--ttgtgaatttattgccatatt-------ttctcagttagatttattgaatatgatgatttt-gcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGAGATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv15s0045g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
         | ||   | | |||   |   |||| | | ||     |||||       |||    |      || ||  ||  || ||||  | |||| |    ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||||||  | |||||  || | |||
---------gttattatctattttcctg--ttgtgaatttattgccatatt-------ttctcagttagatttattgaatatgatgatttt-gcatgttt----agATAGCTCCTGTCATACATGAATGGACCTATGATGCCATGTGCCATGATTTACTGGATATGGATGGAAATAAATATGTACACGAG

upper sequence: LOC_Os06g04450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: PP1S468_8V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 9
gtgctgaaggataacttatgtttcaataacttgtcagtgtagaagtatattgaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccg-tatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
   | | ||   ||   |   ||    ||| |    |||  | |   |||  || | ||     |  |||   | ||   | | |    |||  |   |      || |  | || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||  |  |  | || ||| | || ||    || |||
tcacagcagatcaatgcacacttgctcaacat---tgtgctgcatgttatcaaaaagatc----acttttgacaatgtgaagatttccatccaatgaattattgcagGTGACTCCGGTTATACATGAGTGGTCGTATGATGCAATGTGCCATGATCTTTTGAATTTAGAAGGCAACAAGTATTCTTACGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagaaattcagtatctttcctactgcttacaataatttccgtatgtctgcaaagATAGCACCTGTTATTCATGAATGGACCTATGATGCAATGTGCCATGATCTACTTGAAATGGATGGCCAAAAATACATATATGAG
                        tgcttac  putative branch site (score: 2)
                           ttacaataattt  TA-rich tract