1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaacatatggatccaacctgtgccgttaacaatcaagacaaacttgaagaaaaaaaattgtactcagggttgcttcatggggtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGATGCCGATGGAGTACTTCCTCATGGGATACGGGCTTTACAGACCGTACC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g10740.2 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAG GTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGEST: gi|86426764|gb|CI071861.1|CI071861
genomic: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAGgtaacatatg ... gtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
EST: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAG GTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGEST: gi|86495048|gb|CI137681.1|CI137681
genomic: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAGgtaacatatg ... gtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
EST: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAG GTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGEST: gi|9662820|gb|AU098292.1|AU098292
genomic: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAGgtaacatatg ... gtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
EST: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAG GTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGEST: gi|29643623|gb|CB648630.1|CB648630
genomic: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAGgtaacatatg ... gtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
EST: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAG GTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
genomic: CCATCCACATGACCACAAAGTTGGACAAGAGATATTGTGCTCTAGTTGAGgtaacatatg ... gtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTG
gacaaacttgaagaaaaaaaattgtactcagggttgcttcatggggtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGATGCCGATGGAGTACTTCCTCATGGGATACGGGCTTTACAGACCGTACC
ttgaagaaaaaaaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacatatggatccaacctgtgccgttaacaatcaagacaaacttgaagaaaaaaaattgtactcagggttgcttcatggggtaattgcagGTTCAGGGTTGTGGCTCCCTTGTAACCGAGGAGCAGCCACATGCTATGCTGATGCCGATGGAGTACTTCCTCATGGGATACGGGCTTTACAGACCGTACC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA