Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcaataactatttctgtatttccattcttttttctgcttgtgatatatgagaagattgtccttatgtttttatctagGTTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTAGTCGTGATTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g24460.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g24460.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G108416_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
------------gtgcaataactatttctgtatttccattcttttttctgcttgtgatatatgagaa----gattgtccttatgtttttatctagGTTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTAGTCGTGATTGG
            ||   |||  |   |||   | | ||| |  |||||||||| || | |||   |     |||  ||| | | || || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
gtgcagtagctagttgcatacttgcatcttcttctgcatcccattttctgcttatggtttatctaactggtgatgttcccttttttcttgtctagATTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTACTCGTGATTGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcttttttctgcttgtgatatatgagaagattgtccttatgtttttatctagGTTGTTTGATTCTGCAAAAGCTATGGCCTTCAGCAATGTGCCTAGTCGTGATTGG
                                            tttttatct  CT-rich tract
                                       ttatgtttttatcta  TA-rich tract