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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g16980.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G044027_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
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gtttgtc-ctccactgcatatgcaattggtttgtggttggtcagaacactg-----tcagtgcattatatcatcaactataccatttgtttgcagGTTGATGGTCTTATTAGACTGATGAATGGAAACAACACTGGGCCGATTAACTTGGGGAACCCAG

upper sequence: LOC_Os03g16980.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G165357_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtttgtcaccccttttgaaatgtca-ttaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
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gtttgtc--ttccactgcattctcaattggtttgttgttggtcagaagactg-----tcagtgcactatatca--acta-tgccattc-attgcagGTTGATGGTCTTATTAAGCTGATGAATGGAAACAAGACTGGACCGATTAACTTGGGGAACCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679182|gb|CF307421.1|CF307421
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|702654|gb|D48945.1|D48945
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|87024633|gb|CI259348.1|CI259348
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|88839265|gb|CI000737.1|CI000737
EST:     TTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|14980762|gb|BI305440.1|BI305440
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86256585|gb|CI061348.1|CI061348
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|33675282|gb|CF303521.1|CF303521
EST:     TTCATAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|325494210|gb|JG458734.1|JG458734
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|163926814|gb|EG715102.1|EG715102
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|87035546|gb|CI190168.1|CI190168
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|29663852|gb|CB660127.1|CB660127
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|218502336|gb|FG952301.1|FG952301
EST:     TACAGAAGCCA-GAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|3766739|gb|AU030849.1|AU030849
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACNCAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGGAACGGGGACAACCACTGGCCCAATTA
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGAT-GAACGGGGACAA-CACTGGACCAATTA
EST: gi|58602898|gb|CK013426.1|CK013426
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86823720|gb|CI258767.1|CI258767
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86508748|gb|CI151381.1|CI151381
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86252444|gb|CI056181.1|CI056181
EST:     TTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|33813745|gb|CF332759.1|CF332759
EST:     AGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: AGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|58669067|gb|CK057753.1|CK057753
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|29668687|gb|CB664962.1|CB664962
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|29637730|gb|CB642739.1|CB642739
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|33680606|gb|CF308845.1|CF308845
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAAC
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAAC
EST: gi|29619074|gb|CB624086.1|CB624086
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86477695|gb|CI120328.1|CI120328
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86593436|gb|CI258465.1|CI258465
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86594978|gb|CI258232.1|CI258232
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCCATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86250715|gb|CI007578.1|CI007578
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCCATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|87018932|gb|CI256817.1|CI256817
EST:     CACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACTACACTGGACCAATTAAT
genomic: CACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|86601601|gb|CI256106.1|CI256106
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|33680607|gb|CF308846.1|CF308846
EST:     AGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: AGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|10611282|gb|AU108217.1|AU108217
EST:     CACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTCCTNACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAA
genomic: CACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATT-AAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAA
EST: gi|29620631|gb|CB625642.1|CB625642
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|8858969|gb|AU096287.1|AU096287
EST:     TCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTAATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCT-ATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
EST: gi|3763827|gb|AU030579.1|AU030579
EST:     TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATG                         GTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT
genomic: TTCAGAAGCCAGGAACACAAACTAGGAGCTTCTGCTATGTTGCTGACATGgtttgtcacc ... tttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG
                                            ttttaat  putative branch site (score: 3)
                                         ccatttt  CT-rich tract
       tttgatatatcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtcaccccttttgaaatgtcattaattaatagctggctgaaactttgatatatcattgcatcacatcatcactggtaccattttaatgcagGTTAATGGTCTTATTAAGCTGATGAACGGGGACAACACTGGACCAATTAATTTGGGAAACCCAG

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