Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtcctatgtcaatattatgttagggaggtcttcagactttaattactccacttaattagagcatcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTAAACTTCTTCTACTACTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g02850.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g02850.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G171469_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtacgtcctatgtcaatattatgttagggaggtcttcagac--tttaattactccacttaattagagc----atcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTAAACTTCTTCTACTACTTG
|||  ||||    | || | |||  |    |||  | | |   ||  | || |  ||| | |||| |     ||||| ||||||||||| | ||| ||| | ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||
gtaaatcct---cctatgtaatgccaatttggttctgaaataattccagtaatagactgacttagcgtctttatcttgcagATGTGCTTGAGTGCTTTTAACAAAGATGCTGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTGAACTTCTTTTACTACCTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29659764|gb|CB656039.1|CB656039
EST:     GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGAGCATCTTACAG              
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCG---T-A--A---T---Ggtacgtccta ...
EST: gi|86413919|gb|CI068126.1|CI068126
EST:     GATATGTGACAACAATATGCTTTTCTGGCTTCTGGATCAGATGCGTAATG                         ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAATAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|29664030|gb|CB660305.1|CB660305
EST:     GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATG                         ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
EST: gi|41881458|gb|BX927423.1|BX927423
EST:     GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATG                         ATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT
genomic: GATATGTGACAACCATATGCTTTTCTGGCTTCTTGATCAGATGCGTAATGgtacgtccta ... catcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgttagggaggtcttcagactttaattactccacttaattagagcatcttacagATGTGCTTAAATGCGTTTGATAAAGAAGCCGATCTTGATGTTCTGAACCATCCAATCCTAAACTTCTTCTACTACTTG
                                 acttaat  putative branch site (score: 4)
                   actttaatta  TA-rich tract