1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...gtgaaaaactagcagttttctcccccttctgcccggaacaaacacacccttaagtcttcagtctttccctgaataatgaccccaaactttcttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCTACTGCAAGATCAAAGGGAAGTAGATACGGATGTCCAGTGGGGGTCTGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g40030.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|86903038|gb|CI324508.1|CI324508
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|38479464|gb|CF963579.1|CF963579
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|29671157|gb|CB667432.1|CB667432
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|58590510|gb|CF988818.1|CF988818
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|25806370|gb|CA762331.1|CA762331
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TTACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|88217572|gb|CI217421.1|CI217421
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|58683170|gb|CK071857.1|CK071857
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|88223457|gb|CI223306.1|CI223306
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|29670136|gb|CB666411.1|CB666411
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|88431822|gb|CI557479.1|CI557479
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|88217560|gb|CI217409.1|CI217409
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|29672495|gb|CB668770.1|CB668770
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|2310116|gb|C26271.1|C26271
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATNCCEST: gi|58606587|gb|CK034620.1|CK034620
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: CGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|86895856|gb|CI316062.1|CI316062
genomic: CGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|86853090|gb|CI324792.1|CI324792
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|86426437|gb|CI071534.1|CI071534
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCEST: gi|86903039|gb|CI324509.1|CI324509
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
EST: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTG CTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
genomic: TCACCGTCGGAATTGGCTGGGTTCTGTTTGGTGGGCTTCCTTTTGATCTGgtgagttaaa ... cttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCC
acccttaagtcttcagtctttccctgaataatgaccccaaactttcttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCTACTGCAAGATCAAAGGGAAGTAGATACGGATGTCCAGTGGGGGTCTGA
ctttcttat CT-rich tract
tgaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgaaaaactagcagttttctcccccttctgcccggaacaaacacacccttaagtcttcagtctttccctgaataatgaccccaaactttcttatggcagCTTAATGTTATCGGGCAAGGTCTTGGCTTTCTTGGCTCTGGCTTGTATGCCTACTGCAAGATCAAAGGGAAGTAGATACGGATGTCCAGTGGGGGTCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- gaaaaac
- - - - - - - - -ttctccc
- - - - - - - - - - - - - ttctgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacaaa