Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacggtttctttctctggtacatggtgaatttttcgttttctcttgtacatgtgctaattatcttaactggctttatgcttttgctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCATTTGATCTATCATGAGTTGATGATAACTAACATACAGGGCTCACCATTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01170.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g01170.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G374574_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 16
gtacggtttctttctctggtacatggtgaatttttcgttttctcttgtacatgtgctaattatcttaactggctttatgcttttgctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCATTTGATCTATCATGAG---TTGATGATA-----ACTAACATACAGGGCTCACCATTG
|||| || || ||  ||| |  ||    ||    ||   ||  | |    |||      |  |  | || |||| | |||| ||| |||   |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||| ||   |  |  |||     |||||||||||||| |        
gtacagtgtccttg-ctgttttatcactaaaaagtcagcttgacattctgatg----gttcctgctgacgggctgt-tgctattg-tttggacagGAAATCATGCGCAAGAAGTTGCTTTATGCGATCCTGGAAGGCCGAGGATCATTTGATCTTTCATAAGAAATATACAATATCCGAACTAACATACAGGGGT--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29670954|gb|CB667229.1|CB667229
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|88348058|gb|CI637519.1|CI637519
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29678536|gb|CB674811.1|CB674811
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|88847007|gb|CI001279.1|CI001279
EST:     TGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: TGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29664291|gb|CB660566.1|CB660566
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|163923587|gb|EG711528.1|EG711528
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAAAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|88377761|gb|CI637895.1|CI637895
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|88689684|gb|CI733260.1|CI733260
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29678538|gb|CB674813.1|CB674813
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29670955|gb|CB667230.1|CB667230
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|58594862|gb|CF993170.1|CF993170
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|66922255|gb|CX109103.1|CX109103
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29640685|gb|CB645694.1|CB645694
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|29628307|gb|CB633318.1|CB633318
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|86424983|gb|CI070080.1|CI070080
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
EST: gi|25807633|gb|CA763594.1|CA763594
EST:     GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAA                         GAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA
genomic: GTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 67 (upstream exon), 69 (downstream exon)
Score: 45

TACTTCAAATATCGCTGGAGTTACAGAGTCTGCAGATGATGATCTGCCAAGTGTTATGACATGTGCTAATTATCTTAAATTGCCTCCATACTCCACAAAAgtacggtttc ... ctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCATTTGATCTATCATGAGTTGATGATAACTAACATACAGGGCTCACCATTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctcttgtacatgtgctaattatcttaactggctttatgcttttgctttttgcagGAAGTGATGCGCAAGAAATTGCTTTATGCGATCCTAGAAGGCCGTGGATCATTTGATCTATCATGAGTTGATGATAACTAACATACAGGGCTCACCATTG
                      tcttaac  putative branch site (score: 45)
                                     tgcttttgcttttt  putative PPT
                taattatcttaact  TA-rich tract