1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tctttgccttacactaaaaaggatataagcaatgtcagaacagcaataaacagagaaacaagcagtaatgatttgatgcaatgtttgaatttttttgaagAAAAAGCAGGAAGAAGATCCCAATTTCTTCTATGAGTTTGATCTTAATGAGAATAGAAAAGTGAAGAATTTTTTTTGGACTGATGGAAGATCTAGGGAGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g64200.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ataaacagagaaacaagcagtaatgatttgatgcaatgtttgaatttttttgaagAAAAAGCAGGAAGAAGATCCCAATTTCTTCTATGAGTTTGATCTTAATGAGAATAGAAAAGTGAAGAATTTTTTTTGGACTGATGGAAGATCTAGGGAGT
atttgat putative branch site (score: 5)
ttttttt putative PPT
aatgtttgaatttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tctttgccttacactaaaaaggatataagcaatgtcagaacagcaataaacagagaaacaagcagtaatgatttgatgcaatgtttgaatttttttgaagAAAAAGCAGGAAGAAGATCCCAATTTCTTCTATGAGTTTGATCTTAATGAGAATAGAAAAGTGAAGAATTTTTTTTGGACTGATGGAAGATCTAGGGAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
-ctttgcc
- - - - - - actaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cagagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caagcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttga