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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtgcaaatgttcatataatgctatgttttatgttgtgtgtttgttgattactgcgatgcaccttacatattcgccctgtaataccaagtagagtgctttttttttgttgttgttgatttgagtttttaatgcctatataaaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGGTCTGACATTCAGACCCCTGGGCTCGCCAATGTTGCTGCAACCGTAATGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g60190.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtacgtgcaaatgttcatataatgctatgttttatgttgtgtgtttgttgattactg-cgatgcaccttacatattcgccctgtaataccaagtagagtgctttttttttgttgttgttgatttgagtttttaatgcctatataaaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGGTCTGACATTCAGACCCCTGGGCTCGCCAATGTTGCTGCAACCGTAATGA
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--------------------------------------gtgagtgcaatgccatttgacgccatgtctttggttatctcctagtaaaaccaaacaca---------------tgttgattgcttggatgtt-aatgcctcta--aaacttgcagGTGCCGGTTGCCATTGGAGGCCCTGGTCTTCACCCCGGAGTGAAATTCCGGAACGACATTCAAATCCCTGGGCTCGCCAATGTAGCCGCAACTGTGATGA

upper sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G833389_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtacgtgcaaatgttcatataatgctatgttttatgttgtgtgtttgttgattactgcgatgcaccttacatattcgccctgtaataccaagtagagtgctttttttttgttgttgttgatttgagtttttaatgcctatataaaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGGTCTGACATTCAGACCCCTGGGCTCGCCAATGTTGCTGCAACCGTAATGA
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--------------------------------------------------gtgagtgcaatgccatttgaccccatgtcttttggttctctcccagcaaaatcatacccgtgttgattgcttgga--tgctaatgcctctgtaaaacttgcagGTCCCGGTTGCCATTGGAGGCCCTGGCCTTCACCCTGGAGTGAAATTCCGGAACGACATCCAAACCCCTGGGCTCGCCAACGTAGCCGCAACCGTGATGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|3766737|gb|AU030847.1|AU030847
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EST: gi|86902955|gb|CI312332.1|CI312332
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EST: gi|89176156|gb|CI043177.1|CI043177
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EST: gi|86436642|gb|CI118364.1|CI118364
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EST: gi|88839705|gb|CI015796.1|CI015796
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EST: gi|88451645|gb|CI539436.1|CI539436
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EST: gi|89176157|gb|CI043178.1|CI043178
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genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCA-CCCTGGTGTGAAATTCCG
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EST: gi|14981141|gb|BI305715.1|BI305715
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genomic: TCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
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EST: gi|88268256|gb|CI378191.1|CI378191
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EST:     TACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
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genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|88248915|gb|CI247999.1|CI247999
EST:     TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|88842688|gb|CI081944.1|CI081944
EST:     TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGAGTGAAATTCCGG
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genomic: CTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|58601914|gb|CK012442.1|CK012442
EST:     TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|88276762|gb|CI397564.1|CI397564
EST:     TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|88838372|gb|CI373732.1|CI373732
EST:     TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
genomic: TCGACAAGAACGGTGGTATCCAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
EST: gi|86526489|gb|CI166695.1|CI166695
EST:     CAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCG                         GTCCCGGTTGCTATTGGAGTTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG
genomic: CAGATTCTTACCTCACATACTCTTCAGCCGgtacgtgcaa ... aaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctttttttttgttgttgttgatttgagtttttaatgcctatataaaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGGTCTGACATTCAGACCCCTGGGCTCGCCAATGTTGCTGCAACCGTAATGA
                             ttttaat  putative branch site (score: 3)
                     atttgagtttttaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtacgtgcaaatgttcatataatgctatgttttatgttgtgtgtttgttgattactgcgatgcaccttacatattcgccctgtaataccaagtagagtgctttttttttgttgttgttgatttgagtttttaatgcctatataaaacttgcagGTCCCGGTTGCTATTGGAGGTCCCGGTCTTCACCCTGGTGTGAAATTCCGGTCTGACATTCAGACCCCTGGGCTCGCCAATGTTGCTGCAACCGTAATGA

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