Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcctgctgtcctccagacagagatttcatctctaatttcattgacatagtttgttttttagaaagggtcttgatatggttactttcacttattcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g51290.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g51290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G330298_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
tcctgctgtcctccagacagagatttcatctctaatttcattgacatagtttgttttttagaaag---ggtcttgatatggttactttcacttattcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA---
     |  | |       |    |    ||  || |||  ||   ||| ||| |   ||| ||||   |||  |||||||     | ||| ||| |||| |||| ||||||||||| |||||  ||||    || ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||  |   
---cacaattcatattgtattattcaggtcattagtttattttttatattttatcacttacaaagcagggtagtgatatgcacggtgtcatttactcatgcagGCCTTCCTCCGTCACCACCGGCAGC---AAGCATGAACAATGGTCTTAGCAATGTAAATGGTCCAAGTTTGCATCCGCTTGCTGCTGATGTGGGAAATTATAG

upper sequence: LOC_Os01g51290.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G404207_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
tcctgctgtcctccagacagagatttcatctctaatttcattgacatagtttgttttttagaaag---ggtcttgatatggttactttcacttattcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA---
   | |  | |       |    |    ||  || || ||||    |  ||| |   ||| ||||   | || | |||||   | | ||| ||| |||| ||||||| |||||||| |||||| ||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||  ||||||| ||| ||   
--atacaattcattttgtattattcaggtcattagtt-cattttgctcttttctcccttacaaagcatgatcataatatgcacagtatcatttactcatgcagGTCTCCCTCCGTCACCACCAGCAGC---AAGCATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGTTTACATCCGCTTGCTGCCGATGTGGTAAATCATAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58609846|gb|CK037879.1|CK037879
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58673112|gb|CK061798.1|CK061798
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58657110|gb|CK045790.1|CK045790
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58666710|gb|CK055396.1|CK055396
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|33796671|gb|CF324203.1|CF324203
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58603727|gb|CK014255.1|CK014255
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58670422|gb|CK059108.1|CK059108
EST:     TTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: TTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58672232|gb|CK060918.1|CK060918
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58670563|gb|CK059249.1|CK059249
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|29672194|gb|CB668469.1|CB668469
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58673219|gb|CK061905.1|CK061905
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAN                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA
EST: gi|58673120|gb|CK061806.1|CK061806
EST:     AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAG                         GTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCGGGATGAACAATGGTCTTAGCA
genomic: AAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 71 (downstream exon)
Score: 10

GCAACAGCACTTTTAGTATTTGAAAGGTTTTGGCACAAGCAGGTCAACATAAACTCTATGCATTTTGGAAACTATGATGTGTTATATGTTACCTACCAAGgtaagagcta ... attcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atagtttgttttttagaaagggtcttgatatggttactttcacttattcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA
                      tcttgat  putative branch site (score: 10)
                                          cttattc  putative PPT
     ttgttttttagaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcctgctgtcctccagacagagatttcatctctaatttcattgacatagtttgttttttagaaagggtcttgatatggttactttcacttattcatacagGTCTTCCTCCGTCGCCACCAACAGCTCCCAGGATGAACAATGGTCTTAGCAATGTTAATGATCCAAGGTTGCATCCACTTGCTGTTGATGTGGGAAACCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- -tgctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tttcatt