1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tcatatgataattttacttatataagcaagagcattcctacgttatgcaagcattttcacctgtgctactgctaatttaaattactactctgtttcgcagGATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAAAGTGGAGAACTGGACGAAAGCACTAAAATACACGCTGTGCAACTTGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g48920.1 |
intron # | 9 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATAAAGAGAACAATGTACCACCTGAGAAGTCATTAAAGCTCCCATACAA GATTGATGGTGACAAGGTAGGGAG-C-CACAATCTTCTTAAGTTTTAATAAEST: gi|86481422|gb|CI124055.1|CI124055
genomic: GATAAAGAGAACAATGTACCACCTGAGAAGTCATTAAAGCTCCCATACAAgtaagatata ... tgtttcgcagGATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAA
EST: GATAAAGAGAACAATGTACCACCTGAGAAGTCATTAAAGCTCCCATACAA GATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAA
genomic: GATAAAGAGAACAATGTACCACCTGAGAAGTCATTAAAGCTCCCATACAAgtaagatata ... tgtttcgcagGATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAA
tgcaagcattttcacctgtgctactgctaatttaaattactactctgtttcgcagGATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAAAGTGGAGAACTGGACGAAAGCACTAAAATACACGCTGTGCAACTTGAAG
tgctaat putative branch site (score: 2)
ctctgtttc putative PPT
taatttaaattactac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcatatgataattttacttatataagcaagagcattcctacgttatgcaagcattttcacctgtgctactgctaatttaaattactactctgtttcgcagGATTGATGGTGACAAGGTAGGGAGCCACACAATCTTCTTAAGTTTTAATAAAGTGGAGAACTGGACGAAAGCACTAAAATACACGCTGTGCAACTTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - agcaaga
- - - - - - - - - - - - - - - -gcattcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctact