Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ccctaacaaagtagaacacaccttatactttttggatttattttctaggcaatgagcagtgcaattttaatgatatgtctgacatgtctctactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16170.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29677586|gb|CB673861.1|CB673861
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29641025|gb|CB646032.1|CB646032
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29663395|gb|CB659670.1|CB659670
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29678252|gb|CB674527.1|CB674527
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29664316|gb|CB660591.1|CB660591
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29621708|gb|CB626719.1|CB626719
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29681320|gb|CB677595.1|CB677595
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGGGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29676459|gb|CB672734.1|CB672734
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29677836|gb|CB674111.1|CB674111
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29664315|gb|CB660590.1|CB660590
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
EST: gi|29639706|gb|CB644715.1|CB644715
EST:     CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAAT                         ATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
genomic: CTATGGCGGTAATCTATATGGGTGGACGACTTCCCCAGATCTGGTTAAATgtaatacttc ... tactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggcaatgagcagtgcaattttaatgatatgtctgacatgtctctactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG
                               gtctgac  putative branch site (score: 3)
                                         tctctacttt  putative PPT
                 aattttaatgatatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ccctaacaaagtagaacacaccttatactttttggatttattttctaggcaatgagcagtgcaattttaatgatatgtctgacatgtctctactttgcagATGAAAAGAGGGAATGCTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG