Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttttcacctatagtgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGATTTTCATATGTTGTTATTGCAGAGAGCAATGTTTGGCCTTTCTTTGTGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g10050.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g10050.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G143246_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttttcacctatag----tgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcaca--tctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGATTTTCATATGTT--GTTATTGCAGAGAGCAATGTTTGGCCTTTCTTTGTGGA
                                           | |||||| |    |  ||| ||||  |  |   ||  ||  |  |     || | |  |||        | |||||||||  | ||  | || || ||  | ||||||||  |||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||| |||  |||| ||| |  |||  |||  ||||||||| ||  | ||| |||||   
-------------------------------------------gtaagtttgcta--ttggatatctgttttttagtttcccaaatgaaagtcttgttcctgaagtgccattgatttctgaatg-aattggattttttcccaattttttgcagGTTACCGTGATAGATATAGGGGGTATGGGGGTGGCCGATCGTGGAGTTGACGTTCAAATGCTTAGTTGCTGCTAAGAGCAATGCTTTACGTTTGTTTGTT--
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|3763233|gb|AU029985.1|AU029985
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGTTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88446056|gb|CI552562.1|CI552562
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|66914774|gb|CX101622.1|CX101622
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|325493727|gb|JG458251.1|JG458251
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCCTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88290026|gb|CI547663.1|CI547663
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88504584|gb|CI432090.1|CI432090
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|88484026|gb|CI421297.1|CI421297
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
EST: gi|86259893|gb|CI065766.1|CI065766
EST:     CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAG                         GCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT
genomic: CAGCCCTGAATTAGCTAATATGGGTCGTGGTGCACCACCCCCTTCTTCAGgcaagctctc ... atctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGATTTTCATATGTTGTTATTGCAGAGAGCAATGTTTGGCCTTTCTTTGTGGA
                             gactgac  putative branch site (score: 2)
                                            catcttt  putative PPT
     taagaatttgaaaatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gcaagctctctgtttatctaactattttcaaattattgtagaagcaagtttacagattctgatttctgcctactttcttttcacctatagtgctgcctaagaatttgaaaattctgaatgtgactgactattgtcacatctttgcagGCCACCGTGATAGATATAGAGGGTATGGAGGTGGCCGGTCATGGAGCTGATTTTCATATGTTGTTATTGCAGAGAGCAATGTTTGGCCTTTCTTTGTGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA