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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g08700.8
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G107101_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgt-cagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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--------gtaagctccagttcactgctatgcttaatccacttcaagatatttttttagtgggatcttttcctttcagATACTATGCAATTGCTACACCAAGTGCTACACAGAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTGGAAGCACCACCATCATGGGCTCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA

upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM5G844173_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccat-gtgtactttccaa-atgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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--------gtaatctccagttcactgctatgctttcatctacttccagataaaattttaaatgggttattttttcccagATATTATGCAATTGCTACACCAAGTGCTACACAGAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAAGCACCTCCATCATGGGCTCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA

upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA10G36600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
------------gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttcc-aaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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gttattttgaacttaataccttatcttgttttttagttgttcatagagttcatctgcctgagaaaatatatatacacctaacctttgcagATATTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACACAAAGACTTCTTCTTGGACTTCTAGAAGCACCCCCATCATGGGCTCCAGATGCACTTGACGCTGCTGTG

upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA20G30980.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
----gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgc-----tatttttcgt---cagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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gttattttgaacttaatacctttcttgttttttagttgttcatagagttcatctgcctgacaaaatatatatacacctaacatttgcagATATTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACACAAAGACTTCTTCTTGGACTTCTTGAAGCACCCCCATCGTGGGCTCCAGATGCACTTGATGCTGCTGTG

upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT1G22770.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 7
----------------------------------------gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaat---gattgctaacatgctatttt------tcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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gtattgtttctgggcttaccctttcaattagggtttattggtagtagtctgttgctagttttaaggttgtgcttcctcgaatccctagatcagaattgttttctcactttcctgttatactgtcagATACTATGCCATTGCAACTCCAAGTGCTACGCAGAGACTTCTTCTTGGACTCTTAGAAGCACCACCGTCGTGGGCTCCAGATGCACTTGATGCTGCTGTA

upper sequence: LOC_Os01g08700.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv18s0157g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
--------------------------------------------------gtaagctcttatga-tcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
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gtgaatttccatacctttctctgtgggtaactttttatggaaaacatttcctaatttattctttcttccttttatcttttttccttttatcttttttccttttttggtggtggggttatctggtttagCTACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCCACACAACGACTTCTTCTAGGACTACTGGAAGCACCACCATCATGGGCTCCAGATGCTCTTGATGCTGCAGTA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29659877|gb|CB656152.1|CB656152
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88762368|gb|CI771924.1|CI771924
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29667209|gb|CB663484.1|CB663484
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29678221|gb|CB674496.1|CB674496
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88825885|gb|CI776450.1|CI776450
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29646260|gb|CB651267.1|CB651267
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGATGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29636923|gb|CB641932.1|CB641932
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGT
EST: gi|88745659|gb|CI769019.1|CI769019
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|33800019|gb|CF325875.1|CF325875
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88760813|gb|CI770369.1|CI770369
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88743735|gb|CI767243.1|CI767243
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29683422|gb|CB679697.1|CB679697
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29664618|gb|CB660893.1|CB660893
EST:     GCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: GCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29657250|gb|CB653525.1|CB653525
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|33801382|gb|CF326562.1|CF326562
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88734762|gb|CI758270.1|CI758270
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|29623544|gb|CB628555.1|CB628555
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
EST: gi|88732076|gb|CI757253.1|CI757253
EST:     TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAG                         ATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT
genomic: TTGGTTGCGGGGCTCCCTCCTCTTGAACCATATGCTCGCTTGTTTCATAGgtaagctctt ... ttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

actgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA
                               tgctaac  putative branch site (score: 1)
                                         ctatttttc  putative PPT
                                          tattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagctcttatgatcctgtccactgttgtaccatgtgtactttccaaatgattgctaacatgctatttttcgtcagATACTATGCAATTGCTACTCCAAGTGCTACCCAAAGGTTGCTTTTTGGTCTTCTCGAGGCACCACCATCATGGGCCCCAGATGCACTTGATGCAGCAGTA

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