1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...catgctcctgtttggagcagtaaattttaatttcttattgattcttgaaacagtgaaaactgataacagtgtttctaatggtcaaaatttaccgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACATGTCGCCACAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os12g40880.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88519788|gb|CI447442.1|CI447442
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88967316|gb|CI002498.1|CI002498
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88484850|gb|CI422121.1|CI422121
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|13895854|gb|AU068162.2|AU068162
genomic: CCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88554268|gb|CI484437.1|CI484437
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: AGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88530957|gb|CI459391.1|CI459391
genomic: AGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: AGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88522664|gb|CI449421.1|CI449421
genomic: AGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88554994|gb|CI485212.1|CI485212
genomic: CCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|89194890|gb|CI003354.1|CI003354
genomic: CCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88524459|gb|CI450372.1|CI450372
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACAEST: gi|88526128|gb|CI452507.1|CI452507
genomic: CTGGAAGAAGATGCCTGGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
EST: GGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATG GTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
genomic: GGAGGGACATTAGAGCCTTGTTTGATGAAAAATGgtgagtatgc ... accgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACA
tgaaacagtgaaaactgataacagtgtttctaatggtcaaaatttaccgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACATGTCGCCACAG
ttctaat putative branch site (score: 13)
tcaaaattta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catgctcctgtttggagcagtaaattttaatttcttattgattcttgaaacagtgaaaactgataacagtgtttctaatggtcaaaatttaccgtgatagGTTTATCGATATTGACATTGATGTCTCCATGCAAAGAGTGCTCCAGAGACATGTCGCCACAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- -gctcctg
- - - - - - tggagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgattct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaacag