Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g39380.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G084881_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 7
gtatgtacatcttcc--aaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG
||||||| | |  ||  ||  |||   ||||| |  |  |||   |||  || |||| |  |   || |||  ||  ||| | |  |||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||  || |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||||
gtatgtaaaaccccccaaagcccagtttagctgtaaatttctatctgtagatccaaaggtttacttgattta-atttgtttcttgcttac-agGTCACTGCAGTTAAGCTAAAGGATGGCACAGTACTTGAAGCCGATATTGTTGTTGTCGGTGTTGGAGGCAGACCATTGACTACTCTCTTCAAGGGTCAAG

upper sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA10G07820.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
gtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctct-cagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG
|||||     | |   |      ||        | |     || | | ||      | |       | |     |  |   | ||     |||| | || ||| || || ||| ||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |  ||     |  | ||||| || |
gtatg-gttgcatgtgatcttggaaccctgtcatggtagggcattttaaagttccttaatcaaactcatcatgactttcatccatcattcagGTAAAAGAAGTCAAACTAAAGGATGGCAGGGTCCTGGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGAGGAAGGCCTCAAACAGTCTTAGTCAAAGGGCAGG

upper sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA0169S00210.1 (Glycine max), 3'ss of exon 7
--------gtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgca--aatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG
        | ||||  |||||  ||  |   ||| |    | |  |   | |    ||     ||| |   ||  | |  | |   | |   |||    |||| | || ||| || || ||| ||||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || |  ||  |  |  | ||||| || |
gtatggttgcatgtg-atcttggaaccctgtaatgggatggcattttaaatttcctatttcgtaatcaaactcaccatgactttaatccatcattc---agGTAAAAGAAGTCAAACTAAAGGATGGCAGGGTCCTGGAAGCTGATATTGTTGTCGTTGGTGTTGGAGGAAGGCCTCAAACAGCCTTAGTCAAAGGGCAGG

upper sequence: LOC_Os09g39380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv08s0007g03610.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtatgtacatcttccaaatccaaaatagctctgtagctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG
|||   |  ||||  | |||  | ||     | |   | |   | ||   ||||| | || |    |  | ||  |   | |||     |||| |  | ||| || || ||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| || || ||  | || ||||| || |
gta---atttcttggacatctgatatgttaattttagtatttatttgggagcaaaagccttttatgtagcaatttgagtcttatcattcagGTAAAGGAAGTGAAACTTAAGGATGGTAGGGTGCTGGAAGCTGACATTGTTGTTGTTGGTGTTGGTGGAAGACCCCTTACAACATTATTCAAAGGACAGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58612566|gb|CK040278.1|CK040278
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|2310895|gb|C27050.1|C27050
EST:     ACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: ACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|88407635|gb|CI607769.1|CI607769
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|58686362|gb|CK075049.1|CK075049
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|58596860|gb|CK007388.1|CK007388
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|38477357|gb|CF961490.1|CF961490
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|33802788|gb|CF327265.1|CF327265
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|428157|gb|D24305.1|D24305
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTNTGCTTNAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|58685635|gb|CK074322.1|CK074322
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|24208310|gb|AU225337.1|AU225337
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
EST: gi|33796378|gb|CF324056.1|CF324056
EST:     TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGAT                         GTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT
genomic: TCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 85

TGATATCGCGGCTTTCTATGAGAGTTACTACACTAACAAAGGAGTTAAGATCGTGAAGGGTACAGTAGCTGTTGGTTTTGATGCTGATGCTAATGGTGATgtatgtacat ... tatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctctcagtgtgaatgcaaatgactgtctgctttccatcggttccctatttactagGTCACAGCAGTTAACCTGAAGAATGGCAGTGTGCTTGAAGCTGATATTGTTGTTGTTGGTGTTGGGGGCAGACCGCTGACTACTCTCTTTAAAGGTCAAG
                                        ttccctattt  CT-rich tract
                                             tatttacta  TA-rich tract