Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgactgctatcctgtacaattgaatacttttatttggttaactattttattttcaggcttctctttttcttttgcaaggacattgctaattctgacatttggtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTTCGAAATGATTTTGTTGAAGGTGTACGTGCTGTCTTAGTTGACAAGGACC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g39344.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g39344.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G047564_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatga--ctgctatcctgtacaattgaatacttttatttggttaactattttattttcaggcttctctttttcttttgcaaggacattgctaattctgacatttggtttgtt-cagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTTCGAAATGATTTTGTTGAAGGTGTACGTGCTGTCTTAGTTGACAAGGACC
|| |||  ||  |||||| ||  | |||| | ||| | |||               |||| |   | ||| |   | |        |||||||||||||   |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
gtgtgaatctagtatcctctaggactgaacaatttcaattg---------------ttcatgaaccacttatctatgt--------attgctaattctggtgtttggtgtgtttcagCTGGCTGGTGTTATGAAATTGGAATATCGCATTGCCTTGAGGTCGTCGATTAGAAACGATTTTGTTGAAGGTGTGCGTGCTGTTTTAGTTGACAAGGACC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|11026506|gb|AU163107.1|AU163107
EST:     TTCTCAAGTTGCACTCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTCTCAAGTTGCA-TCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|29664860|gb|CB661135.1|CB661135
EST:     NNNNNCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|33814601|gb|CF333165.1|CF333165
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|24468726|gb|CA305675.1|CA305675
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86867268|gb|CI337784.1|CI337784
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88439762|gb|CI541319.1|CI541319
EST:     TTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88449864|gb|CI539239.1|CI539239
EST:     AACACTATCTATCGAAN                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: AACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86876099|gb|CI325595.1|CI325595
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGTTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88438765|gb|CI546247.1|CI546247
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88383599|gb|CI543372.1|CI543372
EST:     TATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|29658500|gb|CB654775.1|CB654775
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|29614417|gb|CB619430.1|CB619430
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88304480|gb|CI518136.1|CI518136
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88281042|gb|CI402240.1|CI402240
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88379958|gb|CI513548.1|CI513548
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86840686|gb|CI333936.1|CI333936
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86874376|gb|CI316742.1|CI316742
EST:     TCTCAAGGTGTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TCTCAA-GT-TGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88258322|gb|CI360908.1|CI360908
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|33813303|gb|CF332538.1|CF332538
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86418684|gb|CI053485.1|CI053485
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88502702|gb|CI430208.1|CI430208
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|3762933|gb|AU029685.1|AU029685
EST:     TTCTCAAGTTGCATCCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTNCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTCTCAAGTTGCAT-CAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86859810|gb|CI345448.1|CI345448
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGGTTGAATATCGAATTGCCCTTGAGGTCATCGG
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAA-GTTGAATATCGAATTG-CCTTGAGGTCATCGG
EST: gi|88457040|gb|CI529241.1|CI529241
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88419888|gb|CI516337.1|CI516337
EST:     TTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88455611|gb|CI521831.1|CI521831
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|38475804|gb|CF959937.1|CF959937
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88383595|gb|CI543368.1|CI543368
EST:     CAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: CAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|33653651|gb|CF276265.1|CF276265
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86497764|gb|CI140397.1|CI140397
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86833940|gb|CI338311.1|CI338311
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|702653|gb|D48944.1|D48944
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATTGGGATAATGGACACTATCTATCGGAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGGATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88319471|gb|CI518315.1|CI518315
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88275895|gb|CI396499.1|CI396499
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|88265173|gb|CI368947.1|CI368947
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
EST: gi|86835525|gb|CI347982.1|CI347982
EST:     TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAG                         TTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT
genomic: TTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 42

AGGACTCAAAAAAGGGGCTCCATTTTCTCTATGTTTAACTCAAAAACATTTTTCTCAAGTTGCATCAGCATATAGGAATAATGAACACTATCTATCGAAGgtatgactgc ... gtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTTCGAAATGATTTTGTTGAAGGTGTACGTGCTGTCTTAGTTGACAAGGACC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttctctttttcttttgcaaggacattgctaattctgacatttggtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTTCGAAATGATTTTGTTGAAGGTGTACGTGCTGTCTTAGTTGACAAGGACC
                                 ttctgac  putative branch site (score: 42)
                                              tttgttc  putative PPT
       tttttctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgactgctatcctgtacaattgaatacttttatttggttaactattttattttcaggcttctctttttcttttgcaaggacattgctaattctgacatttggtttgttcagTTGGCTGGTGTTATGAAAGTTGAATATCGAATTGCCTTGAGGTCATCGGTTCGAAATGATTTTGTTGAAGGTGTACGTGCTGTCTTAGTTGACAAGGACC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG