Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaacttagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaatttagcataatattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g35540.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g35540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G42830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
gtaacttagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaat-ttagcataatatt-agttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
   ||||   |    | ||   ||  |     |   | | || |    || |  |  | |    | ||     | |  | |  ||  |||| || | ||  |||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||  ||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||
---acttccaacatcatcatcatacccaactgtccaagtattggtgccatgtccaagtattggctagttgcttttctcacacttttctttg-ttatttgtgcagATTGGTATGTTCTGCTACAGTGGATTGACACCTGAACAGGTTGATCGTATGACAAACGAGTTTCATATTTACATGACCCGTAACGGTCGTATCAG

upper sequence: LOC_Os06g35540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: AT2G30970.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
gtaact-tagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaatttagcataatattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
||||||  | |||  ||| |   |   ||||  ||  | | |       | ||| ||||    ||  | | |  ||   ||||  || || |  |    |||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||| || || ||||| ||||  || |  || ||||| ||||| |||||||| || || ||
gtaactacaacaacaaaataggctt--cttttgtgaaattct-------tgttatttctctcctttgactcacacagtcatatctttatggtgata---acagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGGTTAACACCAGAACAGGTTGACCGCTTAACAAGCGAATATCACATCTATATGACCCGTAACGGCCGTATCAG

upper sequence: LOC_Os06g35540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv12s0028g01820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gtaacttagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaatttagcataatattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgatt-ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
|||   ||| |||    ||| ||||   ||  |    |||||   |  |     |||   | || |   |||||  | | |   |  ||||| |||   ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||  ||||||| || || ||||||||||||||||| || || || || ||
gtattgtag-aatttgtcaatttatttgttt-tactcatttattttcct-----ttccacatttcttcaaatgcttacagaccttgctgattcttgcaaacagATTGGCATGTTCTGCTACAGTGGTTTGACACCTGAACAGGTTGATCGAATGACAAATGAATTTCATATCTACATGACTCGCAATGGTCGCATCAG

upper sequence: LOC_Os06g35540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ37394 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtaacttagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaatttagcataatattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatatt--cttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
                                             |   |||     ||| |||  | | || |       ||  |  | | || | |   |||||||||||||| |||||||| ||| | ||    || |||||||||||  |||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||
--------------------------------------------gtgg-attgagattgagatttgattcattcgtctcgcttaccgctggtttctctacgcagATTGGAATGTTTTGCTACAGCGGTCTCACGGAAGATCAAGTCGATCGTCTGACCAAAGAGTTTCACATCTACATGACTCGCAACGGTCGCATAAG

upper sequence: LOC_Os06g35540.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: EFJ33874 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 8
gtaacttagcaatcaaacaaattatgctttgatgggaatttagcataatattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
                                 | | ||| ||  | | ||    | |||     |  |   ||     |   |  | | || | |   ||||||||||||||||||||||| ||| | ||    || |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| || |||||
---------------------------------gtggattgagattgagat----tttgattcattcgtctcgc-----ttaccgctggtttctctacgcagATTGGAATGTTCTGCTACAGCGGTCTCACGGAAGATCAAGTCGATCGTCTGACAAAAGAGTTTCACATCTACATGACTCGCAACGGTCGCATAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|86837409|gb|CI347838.1|CI347838
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86426025|gb|CI071122.1|CI071122
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88960529|gb|CI006490.1|CI006490
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86863175|gb|CI344894.1|CI344894
EST:     CATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: CATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86415209|gb|CI069612.1|CI069612
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88245015|gb|CI244864.1|CI244864
EST:     GGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: GGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88838733|gb|CI376271.1|CI376271
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86431905|gb|CI085516.1|CI085516
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86521313|gb|CI161519.1|CI161519
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|89163281|gb|CI100171.1|CI100171
EST:     GAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGTACAAGTCGATCGCTTG
genomic: GAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88955714|gb|CI092003.1|CI092003
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88958600|gb|CI096116.1|CI096116
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88833344|gb|CI076825.1|CI076825
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|89182827|gb|CI045585.1|CI045585
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86433145|gb|CI093488.1|CI093488
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86256015|gb|CI068464.1|CI068464
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88849517|gb|CI089425.1|CI089425
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|89163554|gb|CI100444.1|CI100444
EST:     ATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86428294|gb|CI074975.1|CI074975
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86895900|gb|CI316085.1|CI316085
EST:     ACC-TGAAAAGTT-GGTTCACCAATATCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86855856|gb|CI271075.1|CI271075
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88471349|gb|CI408620.1|CI408620
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88245868|gb|CI245717.1|CI245717
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88507917|gb|CI435423.1|CI435423
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|89163504|gb|CI100394.1|CI100394
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86822374|gb|CI357939.1|CI357939
EST:     CTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATTTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: CTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88247972|gb|CI247821.1|CI247821
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86601803|gb|CI258479.1|CI258479
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|3760200|gb|C97458.1|C97458
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88245388|gb|CI245237.1|CI245237
EST:     TATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: TATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88250628|gb|CI348858.1|CI348858
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGT-GTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|89188646|gb|CI115895.1|CI115895
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88833851|gb|CI077332.1|CI077332
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|86436545|gb|CI118267.1|CI118267
EST:     ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: ACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88960356|gb|CI382234.1|CI382234
EST:     CACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATT-GAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: CACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
EST: gi|88244076|gb|CI243198.1|CI243198
EST:     TGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAG                         ATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG
genomic: TGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 69 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 12

GGTATGGCTGATCGTATCATTGGAATGCGAACAGCACTCAAAGAGAACCTTGAAAAGTTGGGTTCACCAATGTCATGGGAACATATCACTAATCAGgtaacttagc ... ttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atattagttctgaaattgtaataatgcaaaaatattcttttgattttgtggacagATTGGAATGTTCTGCTACAGTGGTATGACACCTGAACAAGTCGATCGCTTGACAAAAGAGTTCCATATCTACATGACTCGTAACGGGCGGATAAG
                                     ttttgat  putative branch site (score: 12)
            aaattgtaataatgca  TA-rich tract