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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g15360.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88847927|gb|CI006113.1|CI006113
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643187|gb|CB648194.1|CB648194
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29657665|gb|CB653940.1|CB653940
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29669285|gb|CB665560.1|CB665560
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29655833|gb|CB652108.1|CB652108
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29643233|gb|CB648240.1|CB648240
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215820|gb|HO088446.1|HO088446
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|33654536|gb|CF277150.1|CF277150
EST:     TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: TGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTT-CCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29662304|gb|CB658579.1|CB658579
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29660321|gb|CB656596.1|CB656596
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87015278|gb|CI275468.1|CI275468
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|86494540|gb|CI137173.1|CI137173
EST:     GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCNTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29673855|gb|CB670130.1|CB670130
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29670072|gb|CB666347.1|CB666347
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|88830186|gb|CI076442.1|CI076442
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29630613|gb|CB635622.1|CB635622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|2431315|gb|C73735.1|C73735
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|300215841|gb|HO088467.1|HO088467
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTG-CATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|14980837|gb|BI305515.1|BI305515
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|23514955|gb|BU673867.1|BU673867
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8859709|gb|AU097027.1|AU097027
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|218488797|gb|FG951622.1|FG951622
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|29631165|gb|CB636174.1|CB636174
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|87036144|gb|CI189591.1|CI189591
EST:     GTGCCGGTGCCAGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|32947880|gb|BP184452.1|BP184452
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
EST: gi|8527786|gb|AU092601.1|AU092601
EST:     GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAG                         TTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
genomic: GTGCCGGTGCCGGTGCTGGTGCCCTTGATGCATTGCGACAACTTCCACAGgtattattat ... ttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG
                        ccctaac  putative branch site (score: 2)
                                        cttgtttct  putative PPT
        ttaaaataatgcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtattattatatgttggtgtaacttttatacttgttaaaataatgcattgccctaacagctatttacttgtttctgctcagTTCCAAGCGCTGCTTGCATTGGTCCAGGCTAATCCCCAAATCTTGCAG

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