1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...catttatatattcagggataatatttcattcagtacattggattgctttgccctttgttaacccgtcattgaagccacttgataccaacttcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g08005.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|27577598|gb|CB000293.1|CB000293
genomic: GAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|86435305|gb|CI106538.1|CI106538
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88995023|gb|CI036598.1|CI036598
genomic: CAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: GGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88834412|gb|CI077695.1|CI077695
genomic: GGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|89184707|gb|CI007132.1|CI007132
genomic: CTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: GACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|89181971|gb|CI113477.1|CI113477
genomic: GACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|86251665|gb|CI016954.1|CI016954
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|29687001|gb|CB683276.1|CB683276
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88690259|gb|CI734338.1|CI734338
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: TTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88218395|gb|CI218244.1|CI218244
genomic: TTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|86525598|gb|CI165804.1|CI165804
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: TTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88974780|gb|CI023076.1|CI023076
genomic: TTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|218479405|gb|FG961659.1|FG961659
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|300215905|gb|HO088531.1|HO088531
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|58688376|gb|CK077063.1|CK077063
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: AATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTC-ACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|218501509|gb|FG952275.1|FG952275
genomic: AATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88829021|gb|CI073891.1|CI073891
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAGGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|86525653|gb|CI165859.1|CI165859
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: TGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAACEST: gi|88830007|gb|CI074679.1|CI074679
genomic: TGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
EST: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGA GGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
genomic: CAAGGACTGTACATGGGTTGCATGAAATCAGGAGGTGTTGTAAGTGAAGAgtatgtgctt ... tcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
ctttgccctttgttaacccgtcattgaagccacttgataccaacttcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
tttgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catttatatattcagggataatatttcattcagtacattggattgctttgccctttgttaacccgtcattgaagccacttgataccaacttcaatttcagGGGTCAACAATGGTATGAACCTGAATGGTGGAAGTTTGGAGATTCAAAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - cattcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ataccaa