1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...ttgttgggttttgtggtttgctttttctttgattcattcctcgtgaacttgtgttttcatggtgctcagttgtaattgcttacataaaactattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATTCTTAGATATGGTCTTCCCCCATCATTCCTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g51530.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|29621004|gb|CB626015.1|CB626015
genomic: TGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|38476572|gb|CF960705.1|CF960705
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|44674895|gb|CR288329.1|CR288329
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGA-GGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTA-TCAG-TCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|29656670|gb|CB652945.1|CB652945
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTEST: gi|86412678|gb|CI067083.1|CI067083
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCT
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGTAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|88762888|gb|CI772444.1|CI772444
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|218479849|gb|FG959490.1|FG959490
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AACCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAAAGAGCEST: gi|29674593|gb|CB670868.1|CB670868
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|25802832|gb|CA758793.1|CA758793
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|33381011|gb|CF196354.1|CF196354
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTNNNGTGCTGTGCGTGTCTTTGTEST: gi|29674594|gb|CB670869.1|CB670869
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGT
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|38565596|gb|CK085049.1|CK085049
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|29613963|gb|CB618976.1|CB618976
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|58654927|gb|CK043607.1|CK043607
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|58590593|gb|CF988901.1|CF988901
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|29612870|gb|CB617883.1|CB617883
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCEST: gi|88270309|gb|CI385567.1|CI385567
genomic: AAGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
EST: AGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAG GTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
genomic: AGCAATGAGGGCATCACTTCTGCAATGGTGCTATGCCAGCTACAGTGAGgtgcatgtct ... tattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGC
aacttgtgttttcatggtgctcagttgtaattgcttacataaaactattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATTCTTAGATATGGTCTTCCCCCATCATTCCTG
tgcttac putative branch site (score: 2)
ctattct putative PPT
ttacataaaactatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgttgggttttgtggtttgctttttctttgattcattcctcgtgaacttgtgttttcatggtgctcagttgtaattgcttacataaaactattctgcagGTATTCAGTTCCTGGATGCACTTCTGTGCTGTGCGTGTCTTTGTAGAGAGCATTCTTAGATATGGTCTTCCCCCATCATTCCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA