1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...atgcatctgatagttttatatgcagtgccaaaagtacacttctgtcctactagcagcacagatttcatgctgaatttgattttcacatgatctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAATTGGCTGCTGATTTGAAAGGCAAAATCAAATTGGAAGATGCTGGTTTTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g45960.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTATCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAG GCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAAEST: gi|44673793|gb|CR287227.1|CR287227
genomic: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTATCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAGgtttgaatag ... tctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAA
EST: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTACCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAG GCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAAEST: gi|58676256|gb|CK064943.1|CK064943
genomic: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTATCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAGgtttgaatag ... tctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAA
EST: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTATCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAG GCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAA
genomic: TGGACTTCATAAATTCTGATGGTATCACGATGAACAAGCTGCTGTTAGAGgtttgaatag ... tctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAA
cctactagcagcacagatttcatgctgaatttgattttcacatgatctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAATTGGCTGCTGATTTGAAAGGCAAAATCAAATTGGAAGATGCTGGTTTTG
atttgat putative branch site (score: 19)
tctctttt putative PPT
aatttgatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgcatctgatagttttatatgcagtgccaaaagtacacttctgtcctactagcagcacagatttcatgctgaatttgattttcacatgatctcttttagGCAAATCCGAAAATGACCCTCTTCACTGGGAGCTCACGGATAGCAGAGAAATTGGCTGCTGATTTGAAAGGCAAAATCAAATTGGAAGATGCTGGTTTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
atgcatc
- - - - - - - - -atatgca
- - - - - - - - - - - - - gccaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacatga