Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattacctgtttgccttctttatttatttattactatatattgctctgcattgctaacttatcttatgcttggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTTGAGGCATTTTTGTTATCCAAATGAGGTTGAGACGTAGAGTGGCCAAAT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g43480.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29675578|gb|CB671853.1|CB671853
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88516287|gb|CI443941.1|CI443941
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88491761|gb|CI429033.1|CI429033
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATNTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|87016218|gb|CI271629.1|CI271629
EST:     TGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: TGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTT-CCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88476590|gb|CI413861.1|CI413861
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88248006|gb|CI247855.1|CI247855
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGAAGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|86871409|gb|CI329806.1|CI329806
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|86858242|gb|CI271127.1|CI271127
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|86482455|gb|CI125088.1|CI125088
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88488779|gb|CI426050.1|CI426050
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88472513|gb|CI409784.1|CI409784
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|86493022|gb|CI135655.1|CI135655
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|66924296|gb|CX111144.1|CX111144
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88276656|gb|CI397458.1|CI397458
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|87014047|gb|CI273237.1|CI273237
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88510376|gb|CI437882.1|CI437882
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         -TTCANACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCA-ACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTT
EST: gi|16754303|gb|BM038682.1|BM038682
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|109713069|gb|CI105677.1|CI105677
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88511261|gb|CI438767.1|CI438767
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATNTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTNTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88270288|gb|CI385546.1|CI385546
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATCTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|86537765|gb|CI177971.1|CI177971
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
EST: gi|88512340|gb|CI439846.1|CI439846
EST:     ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTG                         GTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT
genomic: ATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 48 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 13

CGGTTCATTAGAAACTTAAGAAAATGTATCTGTATTTACCATTTTGTAGAATGGCAAATTGATGGTGGATGTATGTTCCATGTGGTATATGTTTGCTCTGgtaattacct ... ggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTTGAGGCATTTTTGTTATCCAAATGAGGTTGAGACGTAGAGTGGCCAAAT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttattactatatattgctctgcattgctaacttatcttatgcttggcggttcagGTTCAACGGAATCCTGTTGGTCAACTACCAGCTCCTTGTGCGGCTTATTTTTGAGGCATTTTTGTTATCCAAATGAGGTTGAGACGTAGAGTGGCCAAAT
                         tgctaac  putative branch site (score: 13)
     tactatatatt  TA-rich tract