1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gtgggggcttattagcaatttgcgtattttgattgggcactaataaactgaaaacatgacgcaaaatgctggttgtgacggcaacttctgaaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAGGGTGGGTCAGTTAATGGCAAAACAGAGGAGATGGCAACAGAATATTGCC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g48820.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTGGGCATCCGATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTG TTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAGEST: gi|88991785|gb|CI034923.1|CI034923
genomic: GGTGGGCATCCAATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTGgtgcgtgcat ... aaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAG
EST: GGTGGGCATCCAATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTG TTCGCGACCCGACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAGEST: gi|88984665|gb|CI009439.1|CI009439
genomic: GGTGGGCATCCAATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTGgtgcgtgcat ... aaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAG
EST: GGTGGGCATCCAATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTG TTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAG
genomic: GGTGGGCATCCAATTTGAACCATGTTGTTCCTCTGAAATTATGAACCCTGgtgcgtgcat ... aaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAG
aactgaaaacatgacgcaaaatgctggttgtgacggcaacttctgaaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAGGGTGGGTCAGTTAATGGCAAAACAGAGGAGATGGCAACAGAATATTGCC
aaaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgggggcttattagcaatttgcgtattttgattgggcactaataaactgaaaacatgacgcaaaatgctggttgtgacggcaacttctgaaaggagcagTTCGCGACCCAACAAGAAGCCTGTTACGGAACTGATGAATGCGTTAATAAGGGTGGGTCAGTTAATGGCAAAACAGAGGAGATGGCAACAGAATATTGCC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - ttgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgacg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgacg