1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...aaactgtgcaacgttttcagggagcaaacctatatgctggccattttattgtgctatctactgtccacaatctgttttgttgacactgctaattcttcagATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCCGCATTATGGACATGGTGGAATTCTAGAGTCCGCCAGGGAGCTTTTCATG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g41200.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTATGCAGAGAATGTGCATTTACTATGGAGGATTTGGATGGACTAGTAAA ATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCCEST: gi|58672986|gb|CK061672.1|CK061672
genomic: TTATGCAGAGAATGTGCATTTACTATGGAGGATTTGGATGGACTAGTAAAgtaattccct ... aattcttcagATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCC
EST: TTATGCAGAGAATGTGCATTTACTATGGAGGATTTGGATGGACTAGTAAA ATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCC
genomic: TTATGCAGAGAATGTGCATTTACTATGGAGGATTTGGATGGACTAGTAAAgtaattccct ... aattcttcagATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCC
ttattgtgctatctactgtccacaatctgttttgttgacactgctaattcttcagATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCCGCATTATGGACATGGTGGAATTCTAGAGTCCGCCAGGGAGCTTTTCATG
tgctaat putative branch site (score: 6)
ttcttc CT-rich tract
taattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaactgtgcaacgttttcagggagcaaacctatatgctggccattttattgtgctatctactgtccacaatctgttttgttgacactgctaattcttcagATGTGAACAGTTACCTGCAACTACAAGGGAGAGAGTTATTTCTACCTTTCCGCATTATGGACATGGTGGAATTCTAGAGTCCGCCAGGGAGCTTTTCATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - -gtgcaac
- - - - - - - - - - -gagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgctggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactgct