1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gcctcgatcatcattatgagcgttaaaaaaagtaatatatttctatatcatggtatttgtattctcactaggatgaaatctgattttccctatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTTTATCCCCGGAGGGGAAGGAATTTCTGAGATGCTGCTTCAGAAGAAATC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g55560.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGG CCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTEST: gi|29679713|gb|CB675988.1|CB675988
genomic: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGGgtaaacagtt ... tatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGT
EST: CAATTATTGAGATGTTCACAGGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGG CCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTEST: gi|2317464|gb|C22518.1|C22518
genomic: CAATTATTGAGATGTTCACAGGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGGgtaaacagtt ... tatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGT
EST: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGG CCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTEST: gi|2317516|gb|C22570.1|C22570
genomic: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGGgtaaacagtt ... tatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGT
EST: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGG CCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGT
genomic: GGAAAGCCTCCTTGGAGTGGTCTTGAAGGGgtaaacagtt ... tatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGT
tatcatggtatttgtattctcactaggatgaaatctgattttccctatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTTTATCCCCGGAGGGGAAGGAATTTCTGAGATGCTGCTTCAGAAGAAATC
ttttccctat CT-rich tract
tatttgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcctcgatcatcattatgagcgttaaaaaaagtaatatatttctatatcatggtatttgtattctcactaggatgaaatctgattttccctatgcaacagCCTGCTGCAATGTTTAAGGTGTTGCATAAAGATCCGTCAATTCCAGACAGTTTATCCCCGGAGGGGAAGGAATTTCTGAGATGCTGCTTCAGAAGAAATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA