Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g42220.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: EF517601.1_FGT012 (Zea mays), 3'ss of exon 17
gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgt---ttttatacgtactatatttatgtgtttttgt-tttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
||||| | | ||| ||   ||  ||| || |    |  |||| |   || |    || |   ||||  |   | |   | | | || ||||   |  || ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||
gtatgtcatgttttttactacttatcatt-taggactaaattgttccatctatgcatttcaattttccataaattgagtctttttgctttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTCGATGAGGCTGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGCGTGTTGTCCCAGACGGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGATGG

upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G058276_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 8
gtatgccttttttgttcacacgcatcc-ttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttt-------tatacgtactatatttatgtgtttttgt-tttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
||||| ||| ||  | |||    |    |  || || |  | | |||    |  ||   |||         |||  |    ||||| ||  |||||   |  || |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||
gtatgtcttgttc-tacacttctacttatcatgcaggactactatgttccatctatgcatttcaaatttccataaattgagtatttttgctttttttcatccctgcagTGAGCATGTGCTTGATGAGGCAGAGAGGTCCTTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTGTCCCAGACAGTAAATGATACCCGTGTCTTGTTTGGAGGCGGTTGG

upper sequence: LOC_Os03g42220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GLYMA12G09250.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
---gtatgccttttttgttcacacgcatccttgtgtagcataattttgtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
    ||||| |   | |  ||      |  || |  | || | ||   | | | |  | |   |||  ||      |||  || ||| |   |||  | |||  | ||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| || ||||||| | | || ||  |||| ||||| |||
tttctatgcatgaataga-catcttttttttttttcaacaaacttgaatgaatgtttttttcatttgcactctaagtatg-atatgtctacttttgttgcagCCACCATGTTCTTGATGAGGCTGAGAGGTCATTGCATGATGCCTTGTGTGTGCTATCTCAGACTGTCAATGACAGCAGGGTGTTGCTTGGAGGTGGGTGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29676854|gb|CB673129.1|CB673129
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|38481744|gb|CF965819.1|CF965819
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|218499498|gb|FG967620.1|FG967620
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|29657047|gb|CB653322.1|CB653322
EST:     CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: CGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|38476603|gb|CF960736.1|CF960736
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|218484326|gb|FG955561.1|FG955561
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|29616346|gb|CB621358.1|CB621358
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|58686292|gb|CK074979.1|CK074979
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|86823862|gb|CI258850.1|CI258850
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGCCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|27554034|gb|CA997934.1|CA997934
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGACGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTTCTTGCACGATGCCTTATG
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATG
EST: gi|58679038|gb|CK067725.1|CK067725
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
EST: gi|58681953|gb|CK070640.1|CK070640
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACG
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACG
EST: gi|58653416|gb|CK042096.1|CK042096
EST:     TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAG                         TGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT
genomic: TCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 73 (upstream exon), 70 (downstream exon)
Score: 23

GCAATGTCATTGAAGAGATTATGATTGGGGAGGACAAACTTATTCACTTCTCTGGTGTCGCGATGGGCCAGGCTTGCACCATTGTTTTAAGAGGAGCAAGgtatgccttt ... ttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaattttcatatgtttttatacgtactatatttatgtgtttttgttttctacagTGAGCATGTGCTTGACGAGGCTGAGAGGTCCTTGCACGATGCCTTATGTGTGCTTTCCCAGACAGTAAATGACACCCGTGTCTTATTTGGGGGTGGTTGG
                                     tgtttttgttttct  CT-rich tract
         atatgtttttatacgt  TA-rich tract