Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatatttgtagttttgcccatttacactatcagcaaaaacttctaatttacactgttatttatgattcagGACTTGCTATGGAATTGATGAAGCAAGGTGCAATGAGAACCGTATTAAGTGGTCTTCTTGCAGCATTTGCATGGCCAGCTACACTGCTTGCGGCTACAGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g02170.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g02170.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G092776_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaatatttgtagttttgc------ccatttac-actatcagcaaaaacttc-taatttacactgttatttatgattcagGACTTGCTATGGAATTGATGAAGCAAGGTGCAATGAGAACCGTATTAAGTGGTCTTCTTGCAGCATTTGCATGGCCAGCTACACTGCTTGCGGCTACAGA
||||| ||    ||||||       || | ||| ||| | ||  ||  | |  |||||     |||| ||||||   |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||  ||||||| ||||||||
gtaatgttcagggttttgtactctgccttgtactactgttagtgaatgccttgtaattagtgttgttgtttatg---cagGGCTTGCAATGGAATTGATGAAACAAGGTGCTATGAGAACTGTCTTAAGTGGCCTTCTTGCAGCATTTGCTTGGCCTGCTACGTTGCTTGCCGCTACAGA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcccatttacactatcagcaaaaacttctaatttacactgttatttatgattcagGACTTGCTATGGAATTGATGAAGCAAGGTGCAATGAGAACCGTATTAAGTGGTCTTCTTGCAGCATTTGCATGGCCAGCTACACTGCTTGCGGCTACAGA
                         ttctaat  putative branch site (score: 2)
                   aaaaacttctaattta  TA-rich tract