Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtattaccaaaacttggtaaggtttattttggctacaatctaaacaagcccctagcccctagtgactgagttcgcgttttggttgtgttgtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTATATCAAGATTTGGGCATACAGGACCTGACCATCCAAACCGATGAATAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g58580.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g58580.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G017365_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 8
ggtattaccaaaacttggtaaggtttattttggctacaatctaaacaagcccctagcccctagtgactgagttcgcgttttggttgtgttgtg-tgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTATATCAAGATTTGGGCATACAGGACCTGACCATCCAAACCGATGAATAAG
                 ||||        ||| |    | ||  | ||| || |       | |||   | | |     ||| |||| ||| | ||||||||||||||  || | |||   || | | || || || ||   |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||| |  |
-----------------gtaaaacc---cttgacacagagctgca-aagtccatcatttgcactgaagcattcctgacgttgcttgttttgcgctgtatagGTGAAGAGCGGCGCTGACGACCGGGCAGTCCTTGAATACACGCATGGTTTATATCAGGATTTGGGCATACAGGATCTGACGGTCCAAACTGATGAGTTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88487175|gb|CI424446.1|CI424446
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|86887374|gb|CI313277.1|CI313277
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|88486200|gb|CI423471.1|CI423471
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|86507803|gb|CI150436.1|CI150436
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|86862201|gb|CI330735.1|CI330735
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATT
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCA-GTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATT
EST: gi|88486115|gb|CI423386.1|CI423386
EST:     TGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: TGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|8858691|gb|AU096009.1|AU096009
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|29661174|gb|CB657449.1|CB657449
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|88484745|gb|CI422016.1|CI422016
EST:     CTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: CTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
EST: gi|89170146|gb|CI039423.1|CI039423
EST:     GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGG                         GTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA
genomic: GATTTTGGGAGCTTGTACCTGGTCACGCTGTTGGATCTCTCGACATCCGGgtacatcttt ... gtgtgtatagGTGAAGAATGGTGGTGATTGCCAGTCCGTGCTCGACTATGTGCATGGATTA