1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' | 16 5' 3' |
gttctttctttgctctctagaaatgtttaatggatttcttatgatcagtactgttttgatggctaaactgtgatgggttactgttttgtccatatatacgttgagctgaactctattaaatgtgctcctgttgtgatgatgggccattgagttgatttctagcattgctactgcagGAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTCAGTCTCGCAAATAGGCTCTTTGGTGTTAGCGTAGAGCCTGCAGATGGAC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g58340.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAAGCTTCTGGAGTGAACGACTCCGGGAATCTAAATATGATATCAACGAG GAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTCEST: gi|27577497|gb|CB000192.1|CB000192
genomic: TAAGCTTCTGGAGTGAACGACTCCGGGAATCTAAATATGATATCAACGAGgttctttctt ... gctactgcagGAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTC
EST: TAAGCTTCTGGAGTGAACGACTCCGGGAATCTAAATATGATATCAACGAG GAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTC
genomic: TAAGCTTCTGGAGTGAACGACTCCGGGAATCTAAATATGATATCAACGAGgttctttctt ... gctactgcagGAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTC
gtgctcctgttgtgatgatgggccattgagttgatttctagcattgctactgcagGAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTCAGTCTCGCAAATAGGCTCTTTGGTGTTAGCGTAGAGCCTGCAGATGGAC
agttgat putative branch site (score: 33)
ttgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttctttctttgctctctagaaatgtttaatggatttcttatgatcagtactgttttgatggctaaactgtgatgggttactgttttgtccatatatacgttgagctgaactctattaaatgtgctcctgttgtgatgatgggccattgagttgatttctagcattgctactgcagGAAGATTTGCGTCCTTACTTTGCACTACCCAAGGTTATGGATGGCCTCTTCAGTCTCGCAAATAGGCTCTTTGGTGTTAGCGTAGAGCCTGCAGATGGAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA