1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' |
...tatctttgatgttaattcaaaacagatagaatttaatagcatctattcagttgctttttagcacactggttgttgtactgtttgttctatctcaataaagGAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGCAGCCAAGGCCAGGACAATAATGGCTCCAAGAGGAAAAGGTCACAAGAGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g39920.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGATGAAACTGACTCCAAGGAAGATACTGCTAAGGATCTGAGCCTAAAG GAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGCEST: gi|3759072|gb|C96771.1|C96771
genomic: AGGATGAAACTGACTCCAAGGAAGATACTGCTAAGGATCTGAGCCTAAAGgtaattttct ... ctcaataaagGAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGC
EST: GCTAAGGATCTGAGCCTAAAG GAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGC
genomic: GCTAAGGATCTGAGCCTAAAGgtaattttct ... ctcaataaagGAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGC
ttcagttgctttttagcacactggttgttgtactgtttgttctatctcaataaagGAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGCAGCCAAGGCCAGGACAATAATGGCTCCAAGAGGAAAAGGTCACAAGAGG
ttctatctc CT-rich tract
tcaataaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatctttgatgttaattcaaaacagatagaatttaatagcatctattcagttgctttttagcacactggttgttgtactgtttgttctatctcaataaagGAAATGGTCTCTCCAAAGTCCGTGTCCAAGGGGTCAGCTAAGACCAAGGGCAGCCAAGGCCAGGACAATAATGGCTCCAAGAGGAAAAGGTCACAAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - -ttgatgt
- - - - - - - - - aaaacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agcacac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgtttg