1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtgagtttgtcttatttaacttccttatcaacttgggcaaccttcctgactctggtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTGCAATTCGTGCTGAACGGGACTACGTTGTCCATGAGGACTTCATGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g10640.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|163917943|gb|EG715243.1|EG715243
genomic: ATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|58608391|gb|CK036424.1|CK036424
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|86539950|gb|CI180156.1|CI180156
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: AGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|218483516|gb|FG958130.1|FG958130
genomic: AGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|218493541|gb|FG956814.1|FG956814
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|218480375|gb|FG953360.1|FG953360
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGEST: gi|396941346|gb|HO188555.1|HO188555
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTG
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|88991579|gb|CI019757.1|CI019757
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: AACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|25778007|gb|CA752759.1|CA752759
genomic: AACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|8955808|gb|BE229613.1|BE229613
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTRCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|58687304|gb|CK075991.1|CK075991
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|88987917|gb|CI017980.1|CI017980
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|86477906|gb|CI120539.1|CI120539
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|218501848|gb|FG946073.1|FG946073
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|89195758|gb|CI007177.1|CI007177
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|25778017|gb|CA752769.1|CA752769
genomic: TTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|58687840|gb|CK076527.1|CK076527
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|33795428|gb|CF323584.1|CF323584
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGNGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCEST: gi|218486211|gb|FG960168.1|FG960168
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGG-GGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGC
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|89195854|gb|CI007273.1|CI007273
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: GCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAGCTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|163925709|gb|EG714545.1|EG714545
genomic: GCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|3759665|gb|C96923.1|C96923
genomic: TTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|27577669|gb|CB000364.1|CB000364
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|58587300|gb|CF985608.1|CF985608
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTACACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|55408414|gb|CV720790.1|CV720790
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|58587845|gb|CF986153.1|CF986153
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TGCCAAGCATGGAGAAATTGGGGTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|89198083|gb|CI117561.1|CI117561
genomic: TGCCAAGCATGGAGAAATT-GATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: CAGTTGTTAAACTGTCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|38480216|gb|CF964305.1|CF964305
genomic: CAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTEST: gi|38479537|gb|CF963642.1|CF963642
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
EST: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAG GGCTTCAATGGGGGTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
genomic: TTGCCAAGCATGGAGAAATTGATTATGAGGCAGTTGTTAAACTGGCTGAGgtgagtttgt ... gtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCT
tcttatttaacttccttatcaacttgggcaaccttcctgactctggtggttttagGGCTTCAATGGGGCTGATCTTCGCAACGTCTGCACTGAAGCGGGTATGGCTGCAATTCGTGCTGAACGGGACTACGTTGTCCATGAGGACTTCATGAAG
tcctgac putative branch site (score: 64)
tttaactt TA-rich tract