Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agcaaactaaatccatgtacgcagtatccgcatgggttggtaaatgtaaatcccaatatatatttttggtgtttgatcattcccttggttccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAACTGAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g07210.1
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88374144|gb|CI510962.1|CI510962
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|86838295|gb|CI327687.1|CI327687
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88461529|gb|CI504656.1|CI504656
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|89196459|gb|CI399045.1|CI399045
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATNCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88567031|gb|CI497748.1|CI497748
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88516026|gb|CI443680.1|CI443680
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88276608|gb|CI397410.1|CI397410
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|8858531|gb|AU095849.1|AU095849
EST:     ANCACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: A-CACATGCCTAATCGAGATAGTCCCC-AGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|157651555|gb|EX451189.1|EX451189
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88907452|gb|CI090246.1|CI090246
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88451001|gb|CI531596.1|CI531596
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGCGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|33683116|gb|CF311355.1|CF311355
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88303817|gb|CI510622.1|CI510622
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAA-GCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCA
EST: gi|88552935|gb|CI482994.1|CI482994
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
EST: gi|88378068|gb|CI501337.1|CI501337
EST:     AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAG                         AGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA
genomic: AGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 63 (downstream exon)
Score: 32

TTTGCTGCCAAGATTTGCCTGCTGACATCATTTAGAGACACATGCCTAATCGAGATAGTCCCCAGAGGTGCCACTCCCACAAAAGgttagagttg ... ccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAACTGAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaaatcccaatatatatttttggtgtttgatcattcccttggttccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAACTGAAG
                         gtttgat  putative branch site (score: 32)
                                  ttcccttggttccttc  putative PPT
         aatatatatttttggt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agcaaactaaatccatgtacgcagtatccgcatgggttggtaaatgtaaatcccaatatatatttttggtgtttgatcattcccttggttccttctgcagAGCTTTGGTTAAGCTTCTGGAGTGAGGTGCACTACAATTCCTTGTATGCAACTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- -aaactaa
- - - - - atccatg
- - - - - - - - - - - - - -ccgcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttga