Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g55540.2
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GRMZM2G094712_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 6
gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccg--acccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
 |     ||||||  ||||  ||  |      |   |  |   |   || |  || ||  | |||| ||     ||   |  | |  |   || | |||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
ttatctgttaaatgatgatgttatttctcctacattatgcccttttgaacagtcttttaggctgcagagtgtc-ctattcatagta-actcttatgtttcagGTATGTAAAAGTGCCGATGTAGCTGTTAGGGTTGAAAGTCAACTCAAACTTGTCATCAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTCTTCATGGTGCCTCTATCG

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA04G08560.1 (Glycine max), 3'ss of exon 8
---------gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
          |  |  ||| | ||| ||| |   |||||| | |   || |  || | |  |  | |||| |          | ||   ||  | || |        |||| ||       |||||||| ||   |||||| || || || || || || || |||||||| ||||| ||||  |||||||||||||||||||| || |
gcgcatataatgtactttatactttcatttttctttgatgactaaa-agcttctagtgttttgataagtttccccatttttttaaaaataaactcacct--------agGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTCGAGAGCCAGCTGAAACTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCTATTCATGGTGCATCCATTG

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA06G08670.2 (Glycine max), 3'ss of exon 8
----------gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
          ||  |  ||| | ||| ||| |   |||||| |     || |  || |    |  | ||||||    |     | ||   ||  | || |        |||| ||       |||||||| ||   ||||||||| || || || ||||| || |||||||| ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| || |
agggaagatagtgtactttacacttttatttttctttgatgacag--aagcttctagtgatttgataagttgccctaatttttttaaaataaactcacct--------agGTCTGCAAGTCAGCTGATGTTGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAGCTAGTGATTAGGCCCATGTACTCAAGTCCTCCCATTCATGGTGCATCCATTG

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv11s0016g03720.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gttgaaattaaattttgattctaagtt--gatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtattt-cagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
 | |  |  |  |  ||| |   | ||   | |||  |   |  |     | |  | | | |    || ||| |     |   ||  |||||||  ||| ||||| ||       || || || ||   ||||||||| || || || || ||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| |
ctggggaagagctaatgaatggcatttctaaggccagc---ggaagctccacctaaatcattcttctataaatatattgcctgattaaactttggttttacagGTCTGCAAGGCAGCAGACGTGGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGCTGAAACTTGTGATCAGGCCCATGTATTCCAATCCCCCTATTCATGGTGCATCTATTG

upper sequence: LOC_Os01g55540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 8
lower sequence: Vv04s0008g03770.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 8
gttgaaattaaattttgat--tctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgca-tagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
  |||  ||  ||| | ||  | | ||||  |    |  |  |||  ||| |      || | | | |       || | |   ||  |  |||  |||  |||||||    |  || ||||| ||   ||||||||| || ||  |||| ||||| || |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||
agtgattttgcattctcatattttgagttagta---aatcttatacaaatttggctgctactcgaagttttgccccttatcaatatccatttttacattatagGTTTGCAAGACGGCGGATGTGGCAAGCAGGGTTGAGAGCCAGGTTAAACTTGTGATCAGGCCTATGTTTTCAAACCCACCCATTCATGGTGCATCTATCG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58607107|gb|CK035140.1|CK035140
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58669926|gb|CK058612.1|CK058612
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|10931117|gb|AU161391.1|AU161391
EST:     AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGAAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29639572|gb|CB644581.1|CB644581
EST:     CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|86505956|gb|CI148589.1|CI148589
EST:     GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|33797134|gb|CF324432.1|CF324432
EST:     AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|116874986|gb|EC365494.1|EC365494
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTCTGTGGAAGTGCTAATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218498466|gb|FG951779.1|FG951779
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218496561|gb|FG955449.1|FG955449
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|3760299|gb|C97555.1|C97555
EST:     TCGGTGCTTTAAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGNTTGAAAGTCAACTTAAGCT
genomic: TCGGTGCTTT-AAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCT
EST: gi|428293|gb|D24441.1|D24441
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58596195|gb|CK006723.1|CK006723
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|86479024|gb|CI121657.1|CI121657
EST:     TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCGACTTAAGCTT
genomic: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|8527496|gb|AU092311.1|AU092311
EST:     TCGGTGCTTTAAGCATA                         NTTTGTGGAAGTGCTGATGTANCTGTCAGGGTTGAAAGTC-ACTTAAGCTT
genomic: TCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218496988|gb|FG950831.1|FG950831
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218485004|gb|FG945494.1|FG945494
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218495829|gb|FG948903.1|FG948903
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218491933|gb|FG950038.1|FG950038
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|396941430|gb|HO188639.1|HO188639
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218483046|gb|FG954663.1|FG954663
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|33796812|gb|CF324273.1|CF324273
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58612361|gb|CK040073.1|CK040073
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGAGGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29660056|gb|CB656331.1|CB656331
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|218487158|gb|FG950553.1|FG950553
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|29658838|gb|CB655113.1|CB655113
EST:     AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTGGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTG
genomic: AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|58664098|gb|CK052784.1|CK052784
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|14571421|gb|BI118789.1|BI118789
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: gi|2443117|gb|C74888.1|C74888
EST:     ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA                         GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
                                    atgtaac  putative branch site (score: 3)
       tatttagtt  TA-rich tract