1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g55540.1 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|58669926|gb|CK058612.1|CK058612
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|10931117|gb|AU161391.1|AU161391
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGAAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|29639572|gb|CB644581.1|CB644581
genomic: AGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|86505956|gb|CI148589.1|CI148589
genomic: CGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|33797134|gb|CF324432.1|CF324432
genomic: GCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|116874986|gb|EC365494.1|EC365494
genomic: AGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTCTGTGGAAGTGCTAATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218498466|gb|FG951779.1|FG951779
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218496561|gb|FG955449.1|FG955449
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|3760299|gb|C97555.1|C97555
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: TCGGTGCTTTAAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGNTTGAAAGTCAACTTAAGCTEST: gi|428293|gb|D24441.1|D24441
genomic: TCGGTGCTTT-AAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|58596195|gb|CK006723.1|CK006723
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|86479024|gb|CI121657.1|CI121657
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCGACTTAAGCTTEST: gi|8527496|gb|AU092311.1|AU092311
genomic: TGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: TCGGTGCTTTAAGCATA NTTTGTGGAAGTGCTGATGTANCTGTCAGGGTTGAAAGTC-ACTTAAGCTTEST: gi|218496988|gb|FG950831.1|FG950831
genomic: TCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218485004|gb|FG945494.1|FG945494
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218495829|gb|FG948903.1|FG948903
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218491933|gb|FG950038.1|FG950038
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|396941430|gb|HO188639.1|HO188639
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218483046|gb|FG954663.1|FG954663
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|33796812|gb|CF324273.1|CF324273
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|58612361|gb|CK040073.1|CK040073
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGAGGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|29660056|gb|CB656331.1|CB656331
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|218487158|gb|FG950553.1|FG950553
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|29658838|gb|CB655113.1|CB655113
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTGGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTGEST: gi|58664098|gb|CK052784.1|CK052784
genomic: AAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|14571421|gb|BI118789.1|BI118789
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTEST: gi|2443117|gb|C74888.1|C74888
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
EST: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATA GTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
genomic: ACGCTAAGAACATGGGATTGTATGGAGAGCGTGTCGGTGCTTTAAGCATAgtaagatatc ... tgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTT
aatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
atgtaac putative branch site (score: 105)
tatttagtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgaaattaaattttgattctaagttgatgccgacccagataataatatcctatttagttgcatagaaaaactgaacggaatgtaactttgtatttcagGTTTGTGGAAGTGCTGATGTAGCTGTCAGGGTTGAAAGTCAACTTAAGCTTGTAATTAGGCCTATGTATTCAAACCCTCCTATTCATGGTGCATCTATCG
- - - - - - - -tgattct
- - - - - - - - - - - - - tgatgcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgcata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgaacg